Python Rpy2&；ggplot2:LookupError'；print.ggplot'；

在不受任何关于R、Rpy2和ggplot2的已有知识的影响的情况下，我永远都不想从Python创建一个简单表的散点图

要设置此设置，我刚刚安装了：

• Ubuntu 11.10 64位

• R版本2.14.2

  （来自R-cran镜像）

• ggplot2

  （通过

  R>install.packages（'ggplot2'）

  ）

• rpy2-2.2.5

  （通过

  轻松安装

  ）

接下来，我可以使用ggplot2从交互式R会话中绘制一些示例数据帧

但是，正如我在网上找到的一个示例中所看到的那样，当我仅尝试导入

ggplot2

时，会出现以下错误：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2
  File ".../rpy2/robjects/lib/ggplot2.py", line 23, in <module>
    class GGPlot(robjects.RObject):
  File ".../rpy2/robjects/lib/ggplot2.py", line 26, in GGPlot
    _rprint = ggplot2_env['print.ggplot']
  File ".../rpy2/robjects/environments.py", line 14, in __getitem__
    res = super(Environment, self).__getitem__(item)
LookupError: 'print.ggplot' not found

---

虽然我无法帮助您修复您看到的导入错误，但这里有一个使用lattice的类似示例：

此外，标准的R

plot

函数通过使用

factor

函数接受着色（您可以向

行提供保留的
列。示例：

plot(original.length, percentage.retained, type="p", col=factor(row.retained))

根据fucitol的回答，我改为使用默认plot和lattice实现plot。以下是两种实现：

from rpy2 import robjects
#Convert to R objects
original_lengths = robjects.IntVector(original_lengths)
percentages_retained = robjects.FloatVector(percentages_retained)
row_retained = robjects.StrVector(row_retained)

#Plot using standard plot
r = robjects.r
r.plot(x=percentages_retained,
       y=original_lengths,
       col=row_retained,
       main='Title',
       xlab='Percentage retained',
       ylab='Original length',
       sub='subtitle',
       pch=18)

#Plot using lattice
from rpy2.robjects import Formula
from rpy2.robjects.packages import importr
lattice = importr('lattice')
formula = Formula('lengths ~ percentages')
formula.getenvironment()['lengths'] = original_lengths
formula.getenvironment()['percentages'] = percentages_retained

p = lattice.xyplot(formula,
                   col=row_retained,
                   main='Title',
                   xlab='Percentage retained',
                   ylab='Original length',
                   sub='subtitle',
                   pch=18)
rprint = robjects.globalenv.get("print")
rprint(p)

很遗憾，我无法使用
ggplot2
，因为默认情况下，它会生成更好的图形，而且我认为使用数据帧更为明确。欢迎在这方面提供任何帮助！
问题是由最新的ggplot2版本0.9.0引起的。此版本没有函数print.ggplot（）可在ggplot2版本0.8.9中找到

我试图修补rpy2代码，使其与最新的ggplot2一起工作，但更改的范围似乎相当大

同时，只需将ggplot2版本降级到0.8.9即可。R包ggplot2中的更改破坏了rpy2层。
尝试使用bitbucket上rpy2代码的“默认”分支（rpy2-2.3.0-dev）的最新快照（我刚刚修复了此问题）

编辑：rpy2-2.3.0比计划晚了几个月。我刚刚推出了一个错误修复版本rpy2-2.2.6，应该可以解决这个问题。
如果你没有任何使用
R
的经验，但是使用
python
，你可以使用
numpy
或进行数据分析，
matplotlib
进行绘图

下面是一个“这种感觉”的小例子：


pandas
还有一个实验性的rpy2接口。
您好，感谢您解决了这个问题！导入再次生效，我正在考虑将我的代码转换为使用rpy2+ggplot2。
from rpy2 import robjects
#Convert to R objects
original_lengths = robjects.IntVector(original_lengths)
percentages_retained = robjects.FloatVector(percentages_retained)
row_retained = robjects.StrVector(row_retained)

#Plot using standard plot
r = robjects.r
r.plot(x=percentages_retained,
       y=original_lengths,
       col=row_retained,
       main='Title',
       xlab='Percentage retained',
       ylab='Original length',
       sub='subtitle',
       pch=18)

#Plot using lattice
from rpy2.robjects import Formula
from rpy2.robjects.packages import importr
lattice = importr('lattice')
formula = Formula('lengths ~ percentages')
formula.getenvironment()['lengths'] = original_lengths
formula.getenvironment()['percentages'] = percentages_retained

p = lattice.xyplot(formula,
                   col=row_retained,
                   main='Title',
                   xlab='Percentage retained',
                   ylab='Original length',
                   sub='subtitle',
                   pch=18)
rprint = robjects.globalenv.get("print")
rprint(p)

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt 

df = pd.DataFrame({'original_length': [1875, 1143, 960, 1302, 2016],
                   'row_retained': [False, False, False, False, True],
                   'percentage_retained': [11.0, 23.0, 44.0, 66.0, 87.0]})
fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter(df.original_length, df.percentage_retained,
           c=np.where(df.row_retained, 'green', 'red'),
           s=np.random.randint(50, 500, 5)
           )   
true_value = df[df.row_retained]
ax.annotate('This one is True',
            xy=(true_value.original_length, true_value.percentage_retained),
            xytext=(0.1, 0.001), textcoords='figure fraction',
            arrowprops=dict(arrowstyle="->"))
ax.grid()
ax.set_xlabel('Original Length')
ax.set_ylabel('Precentage Retained')
ax.margins(0.04)
plt.tight_layout()
plt.savefig('alternative.png')