Python 基于第一个fastq的内容过滤第二个fastq文件

我正在比较两个大的gz文件（fastq格式），每个文件有几亿行

它们由四条线组成：

地址

字符序列

间隔棒

另一个字符序列

第二个文件将比第一个文件有更多的行（在这些4行的组中） 我试图做的是过滤掉那些多余的行（四人一组）

我的策略是： 如果两个文件中的唯一地址相同： 写第二个文件的四行。这似乎有效，但速度很慢，有什么建议吗

from itertools import islice
from gzip import open as gzopen
# two inputs to compare
first_file  = 'R1_001.fastq.gz' 
second_file = 'R2_001.fastq.gz'
# output file
file_3 = 'test_out.gz'

with gzopen(first_file) as f1, gzopen(second_file) as f2, gzopen(file_3,'ab') as f3:
    for line_number, line in enumerate(f1):
        if line_number % 4 == 0: 
            check_lines = islice(f2,0,4)
            my_lines = [*check_lines]
            if line.split()[0] == my_lines[0].split()[0]:
                f3.writelines(my_lines)```