Python插值法统一ct扫描体素尺寸

我在Matlab中使用了

interp2

，例如下面的代码，这是@rayryeng在中的答案的一部分：

d=大小（体积图像）
[X，Y]=meshgrid（1:1/scaleCoeff（2）：d（2），1:1/scaleCoeff（1）：d（1））；
对于ind=z
%通过interp2插值每个切片
M2D（：，：，ind）=interp2（体积图像（：，：，ind），X，Y）；
结束

尺寸示例：

图像大小为512x512，切片数为133。因此：
体积图像（三维尺寸中的行、列、切片）：三维尺寸中的512x512x133
X:288x288
Y:288x288
scaleCoeff（2）：0.5625
scaleCoeff（1）：0.5625
z=1到133，因此z:1x133
ind:1至133
M2D（：，：，ind）最终在3D维度上为288x288x133

同样，Matlabs的大小语法：（第三维度的行、列、切片）和Python的大小语法：（第三维度的切片、行、列）。 但是，将Matlab代码转换为Python代码后出现错误，

ValueError:非矩形网格输入z的长度无效

：

for ind in range(0, len(z)+1):
    M2D[ind, :, :] = interpolate.interp2d(X, Y, volume_image[ind, :, :]) # ValueError: Invalid length for input z for non rectangular grid

怎么了？非常感谢。

在MATLAB中，有以下参数：

result = interp2(input_x, input_y, input_z, output_x, output_y)

您只使用后3个参数，前两个参数假定为

input\ux=1:size（input\uz，2）

和

input\uy=1:size（input\uz，1）

在Python中，则完全不同：它接受MATLAB函数的前3个输入参数，并返回一个对象，您可以调用该对象来获取插值：

f = scipy.interpolate.interp2(input_x, input_y, input_z)
result = f(output_x, output_y)

按照文档中的示例，我得到如下内容：

from scipy import interpolate
x = np.arange(0, volume_image.shape[2])
y = np.arange(0, volume_image.shape[1])
f = interpolate.interp2d(x, y, volume_image[ind, :, :])
xnew = np.arange(0, volume_image.shape[2], 1/scaleCoeff[0])
ynew = np.arange(0, volume_image.shape[1], 1/scaleCoeff[1])
M2D[ind, :, :] = f(xnew, ynew)

---

[代码未测试，如果有错误，请告诉我。]

您可能会感兴趣。如果要从一个常规栅格插值到另一个栅格，则它比

scipy.interpolate.interp2d

更快更易于使用

有关示例，请参见此答案：

您可能需要以下内容：

import scipy.ndimage as ndimage
M2D = ndimage.zoom(volume_image, (1, scaleCoeff[0], scaleCoeff[1])

---

您是如何创建卷图像的？通常，在Python中，数组是按C顺序存储的，而不像Matlab那样是按F顺序存储的，因此它应该是

volume\u image[：，：，ind]

。另外，范围是错误的，您希望对范围内的ind使用

（len（z）：

@Matthieu Brucher:I发现：

size的Matlabs语法：（x=行，y=列，z=三维维度中的切片）

和

大小的Python语法：[z=三维维度中的切片，x=行，y=列]

而且，的

范围与Matlab相同。我在问题中编辑了我的示例。你是如何读取图像的？你的
len（z）
仍然有一个错误，为什么z不是向量而是矩阵？@Matthieu Brucher:我将图像收集为
volume_image[I，：，：]=dcm_图像。循环中的像素_数组
。
z
是三维中的切片数。错误是因为
interp2d
而不是
len（z）
。您可能希望改用scikit.image。
len（z）
是一个错误，但我想说的是，
volume\u image
的内容也不允许很好的插值。但是我们没有它的内容。有一个错误：
ValueError:无法将输入数组从shape（2881024）广播到shape（288288）
。我想将大小为
512x512
的图像调整为
288x288
@eli：也许我误解了您对
scaleceff
的定义。请确保
xnew
和
ynew
各有288个元素。是的，这是因为
scaleceff
。我的问题解决了。非常感谢。