Python Snakemake-如何设置conda环境路径

在Snakemake中，可以通过定义规则（如

conda:“envs/my_environment.yaml”

）轻松设置conda环境。通过这种方式，YAML文件指定在运行管道之前安装哪些软件包

某些软件需要第三方软件的路径来执行特定命令

这方面的一个例子是使用RSEM生成引用索引时（来自GitHub页面的例子）：

rsem-prepare-reference --gtf mm9.gtf \
                       --star \
                       --star-path /sw/STAR \
                       -p 8 \
                       --prep-pRSEM \
                       --bowtie-path /sw/bowtie \
                       --mappability-bigwig-file /data/mm9.bigWig \
                       /data/mm9 \
                       /ref/mouse_0

我是否可以找到或预定义

STAR

对准器软件的目录（例如

[workdir]/.snakemake/conda/STAR

），该软件在以前的规则中通过conda安装

---

目前，一个选项可能是使用命令行界面选项创建共享环境文件夹：

--conda prefix

，但是，由于这是一个单一的案例问题，我希望在规则中定义此信息。

我有两种处理方法

1：让Conda处理路径 只有当星形不在路径上时，才需要指定该特定选项（

--star path

）。然而，若此规则的YAML中包含STAR，那个么Conda将把它作为环境激活的一部分放在PATH上，所以不需要该选项。这同样适用于

——领结路径。因此，对于此类规则，YAML可能类似于：

名称：rsem
频道：
-康达锻造厂
-比奥康达
-默认值
依赖项：
-rsem
-明星
-领结

，考虑将包上的版本固定到一个次要版本（例如，<代码> BoTeY＝1.3 ）。< /P>
2：管道选项使用
config.yaml
如果出于某种原因，您不想要一个完全独立的管道，例如，您的系统已经预装了许多标准的基因组学软件，如STAR，那么您可以在
config.yaml
中包含一个条目，用户应在其中调整管道以适应其系统。例如，以下是相关部分：

config.yaml

star\u路径：/sw/star
领结路径：/sw/领结

蛇形文件

configfile:config.yaml
##这不是一条完整的规则
规则rsem_prep_ref:
#需要输入、输出。。。
参数：
star=config['star_path']，
蝴蝶结=配置['蝴蝶结路径']
线程：8
康达：“环境/myenv.yaml”
外壳：
"""
rsem准备参考——gtf mm9.gtf\
--明星\
--星路径{params.star}\
-p{threads}\
--准备pRSEM\
--领结路径{params.bowtie}\
--可映射性bigwig文件/data/mm9.bigwig\
/数据/毫米9\
/参考/鼠标\u 0
"""

实际上，管道假设已经存在并且不是由管道本身生成的任何内容都应该进入
config.yaml
（例如，
mm9.gtf
或
mm9.bigWig
）


关于共享环境的说明
一般来说，我建议不要尝试共享环境。但是，您仍然可以通过跨用户共享包缓存来节省空间，并确保在同一文件系统上创建环境（这允许Conda使用硬链接而不是复制）。您可以使用Conda配置选项设置包缓存位置。如果管道本身已经与Conda包缓存在同一个文件系统上，我只会让Snakemake使用默认位置（
.Snakemake/Conda
），而不会弄乱
--Conda prefix
参数

否则，您可以为Snakemake提供
--conda prefix
参数，以指向要在其中创建conda环境的同一文件系统上的目录。这应该是一个相当通用的目录，管道的所有环境都位于其中。OP（
[workdir]/.snakemake/conda/STAR
）中提出的建议毫无意义。
我有两种方法来处理这个问题

1：让Conda处理路径
只有当星形不在路径上时，才需要指定该特定选项（
--star path
）。然而，若此规则的YAML中包含STAR，那个么Conda将把它作为环境激活的一部分放在PATH上，所以不需要该选项。这同样适用于
——领结路径。因此，对于此类规则，YAML可能类似于：

名称：rsem
频道：
-康达锻造厂
-比奥康达
-默认值
依赖项：
-rsem
-明星
-领结

，考虑将包上的版本固定到一个次要版本（例如，<代码> BoTeY＝1.3 ）。< /P>
2：管道选项使用
config.yaml
如果出于某种原因，您不想要一个完全独立的管道，例如，您的系统已经预装了许多标准的基因组学软件，如STAR，那么您可以在
config.yaml
中包含一个条目，用户应在其中调整管道以适应其系统。例如，以下是相关部分：

config.yaml

star\u路径：/sw/star
领结路径：/sw/领结

蛇形文件

configfile:config.yaml
##这不是一条完整的规则
规则rsem_prep_ref:
#需要输入、输出。。。
参数：
star=config['star_path']，
蝴蝶结=配置['蝴蝶结路径']
线程：8
康达：“环境/myenv.yaml”
外壳：
"""
rsem准备参考——gtf mm9.gtf\
--明星\
--星路径{params.star}\
-p{threads}\
--准备pRSEM\
--领结路径{params.bowtie}\
--可映射性bigwig文件/data/mm9.bigwig\
/数据/毫米9\
/参考/鼠标\u 0
"""

实际上，管道假设已经存在并且不是由管道本身生成的任何内容都应该进入
config.yaml
（例如，
mm9.gtf
或
mm9.bigWig
）


关于共享环境的说明
一般来说，我建议不要尝试共享环境。但是，您仍然可以通过共享rsem-prepare-reference --star-path $(which star) ...