Python snakemake包装器：将通配符指向config.yaml或txt列表

我正在尝试使用以下蛇形包装：

rule get_fastq_pe:
    output:
        # the wildcard name must be accession, pointing to an SRA number
        "data/{accession}_1.fastq",
        "data/{accession}_2.fastq"
    params:
        # optional extra arguments
        extra=""
    threads: 6  # defaults to 6
    wrapper:
        "0.73.0/bio/sra-tools/fasterq-dump"

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如何在txt文件或config.yaml文件中直接访问多个SRR访问？

首先，在yaml文件中指定所需的所有SRR

SRR.yml

：

SRR:
  - SRR1234
  - SRR5678
  - SRR2468
  - SRR1357

然后在Snakefile中，加载带有关键字

configfile:

的yaml文件：

configfile: "SRR.yml"

定义规则all以触发所有必要文件的创建：

rule all:
    input: expand("data/{accession}_{RF}.fastq", accession=config["SRR"], RF=["1","2"])

然后添加您的规则：

rule get_fastq_pe:
    output:
        # the wildcard name must be accession, pointing to an SRA number
        "data/{accession}_1.fastq",
        "data/{accession}_2.fastq"
    params:
        # optional extra arguments
        extra=""
    threads: 6  # defaults to 6
    wrapper:
        "0.73.0/bio/sra-tools/fasterq-dump"

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很有帮助，很明显。谢谢我根本不知道我需要一个规则。正在尝试添加类似于规则get_fastq_pe output或params的内容。