Python 如何设置目标文件由文件内容确定的蛇形规则？

我想根据条形码信息将一个sam文件拆分为多个sam文件。查询条码信息列表在另一个文件中

$cat barcode.list
ATGCATGC
TTTTAAAA
GGCCCC
CGATGA
AAGGTTCC
....

下面一个简单的bash脚本可以实现这个目标

barcode\u list=。/A\u barcode.csv
input\u bam=/A\u input.bam
拆分的目录=/拆分的目录/A
过滤的\u dir=“./filterd\u sam/A”
mkdir-p${splited_dir}${splited_dir}
header=$（samtools视图-H${input_bam}）
samtools view{input.bam}LC_ALL=C fgrep-f我认为您需要将“split_sam”定义为检查点规则，请参阅。
一旦执行检查点规则，将重新计算依赖于此规则输出的所有规则的DAG

SAMPLES = ["A", "B", "C", "D"]
# BARCODE = ???

rule all:
  input:
    splited_sam_dir = expand("splited_sam/{sample}", sample=SAMPLES)

rule split_sam:
  input:
    bar = "{sample}_barcode.csv",
    bam = "{sample}_input.bam"
  output:
    splited_sam_dir = "splited_sam/{sample}"
  shell:
    """
    header=$(samtools view -H {input.bam})
    samtools view {input.bam} | LC_ALL=C fgrep -f <(cat {input.bar}) | awk -v header="$header" -v outdir="{output.splited_sam_dir}" '{{barcode=substr($0,index($0, "\tCB:Z:")+6,18);if (!header_printed[barcode]++) {{print $0 >> outdir"/"barcode".sam"}}}}
    """
rule filter_sam:
  # ??? don't know the input file name...