将DICOM图像转换为XYZ坐标及其值的列表-Python

以下是我试图用Python实现的目标（请记住，我对Python比较陌生）：

将DICOM图像转换为xyz坐标及其各自像素值的列表，并将该列表导出为.csv文件

从上一个任务中生成的xyz坐标和像素值列表中重新生成相同的图像

到目前为止，我已经能够读入dicom图像，并通过使用pydicom和numpy将它们转换成一个数组。我还能够通过几个for循环提取像素和坐标值，并将该列表导出为.csv。但必须有更好的方法来保持某种质量控制，因为当我尝试重新生成图像（通过使用另一组for循环）时，我不会得到原始图像

我需要两个函数在不同的python脚本中分别运行

这就是我到目前为止所做的：

    #Raster through all pixels and copy each value and coordinates to arrays
    rc_cntr = 0
    for r in range(0,img_rows):
                for c in range(0,img_cols):
                    pixel = dcmarray[r, c]
                    rArray[rc_cntr] = r
                    cArray[rc_cntr] = c
                    zArray[rc_cntr] = z_cntr
                    imgArray[rc_cntr] = dcmarray[r,c]
                    rc_cntr = rc_cntr + 1;

    #Combine arrays into one file
            XYZV = numpy.column_stack([rArray,cArray,zArray, imgArray])
            numpy.savetxt(output_path,XYZV,'%0i','\t') #Save XYZV files for each image

在这件事上的任何帮助都将不胜感激

干杯

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AFH

我对DICOM不是很熟悉，但从以下几点来看，我认为应该可行：

import dicom
import numpy as np

ds = dicom.read_file('your_file.dcm')
planes, rows, cols = ds.NumberofFrames, ds.Columns, ds.Rows
image = ds.pixel_array # should have shape (planes, rows, cols)

# to get data and coords to write to CSV
image_data = image.ravel()
z, y, x = np.meshgrid(np.arange(planes), np.arange(rows), np.arange(cols),
                      indexing='ij').T

# to write CSV read image back into DICOM file
planes, rows, cols = np.ptp(z)+1, np.ptp(y)+1, np.ptp(x)+1
image = np.zeros((planes, rows, cols), dtype=image_data.dtype)
image[z, y, x] = image_data

ds.NumberofFrames, ds.Columns, ds.Rows = planes, rows, cols
ds.PixelData = image.tostring()
ds.save_as('another_file.dcm')

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如果你发布一些代码，你将增加获得有用答案的机会。我已经能够运行代码，只是很难保存到.csv并将其读回以完成整个循环。