Python-查找管状结构，填充孔，并生成用于下游图像处理的二进制掩码

第一次在这里发布

我正在为一个生物工程项目进行图像处理，我正在使用Python，主要是Skipage软件包，对我们拍摄的图像进行批处理。每个图像中有6-8个试管，细胞在其中流动。在每个时间点，我们都拍摄了正常的亮场图像和荧光图像。我试图根据亮场图像识别管子，将管子与背景分开，并给它们贴上标签。遮罩/标记图像将用于荧光图像的下游处理，在那里我们识别细胞并获得其形状度量

tl；dr：Python；撇渣；图像处理；在明亮的视场图像中将管状结构与背景分离

我将用一个例子来说明我所做的。我想包括所有的中间图像，但我没有任何信誉点张贴两个以上的图像。因此，我将显示第一个和最后一个图像

我首先裁剪了比例尺，得到了一个灰度图像，这是结果图像

我使用sobel_h过滤器来查找水平边

bf_sobel = sobel_h(bf_cropped)
io.imshow(bf_sobel)

然后我尝试了所有的阈值，选择了一个对我来说很好的阈值算法（大津）

然后我应用了关闭函数并移除了小对象

bf_closed = closing(bf_thresholded)
bf_small_removed = remove_small_objects(bf_closed, 50)
io.imshow(bf_small_removed)

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这就是我被卡住的地方。我正在尝试填充管边缘之间的间隙，并为各个管创建遮罩，以将它们与背景分开。有什么建议吗？谢谢

你找到解决这个问题的好办法了吗？

bf_closed = closing(bf_thresholded)
bf_small_removed = remove_small_objects(bf_closed, 50)
io.imshow(bf_small_removed)