Python在理解如何使用'；子流程'；关于BLAST+；班内

我是一名Python初学者，在理解作业的措辞时遇到困难。它涉及面向对象编程和创建类。我已经在我的Windows 10计算机上安装了BLAST，因此我可以通过命令提示符访问它。为了方便起见，我用粗体输入了我的问题。以下是理解我将要做的事情所需的一般背景信息：

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“编写一个运行BLAST+的Python脚本，比较两种有机氮和甲烷代谢细菌的基因组，然后用图形表示排列

包括以下内容以执行主逻辑：

脚本执行的所有其他操作都应在类内完成。类外不应存在其他代码。”

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从这一点上，我不明白为什么

（\uuuu name\uuu=“\ uuu main\uuuu”）

会出现（我也看到了一个关于这一点的问题，但答案太复杂了，无法理解；我没有足够的编码经验，因此希望对其进行更简单的解释）以及为什么类名为

main（）

存在于该代码行下方。我以为应该先上这门课。另外，我知道如何使用BLAST网站，但不是以Python脚本或命令行参数的形式。

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我遇到的一个问题是：

编写一个使用“subprocess”库执行“blastn”的方法，使用制表符分隔的输出对齐两个基因组。您需要查看BLAST+手册或程序的使用情况，以确定要使用哪些命令行选项。“subprocess”库有许多运行非python程序的方法。我们建议您使用

subprocess.run（）

函数。“subprocess”代码必须使用

shell=False

参数，“blastn”对齐方式必须通过管道传输到Python脚本中，并且不应在磁盘上创建任何新文件

您的脚本应该期望第一个命令行参数是查询FASTA文件的路径，它应该是“file1.FASTA”。您的scrpt应该期望第二个命令行位置参数是subject FASTA，它应该是'file2.FASTA'

使用您的方法，使用三组不同的参数将查询与主题对齐：

一,。默认值

二,。字号为12；最多100000条路线；最大e值为0.001；开缺口罚款7分；差距扩大处罚3；错配罚款5英镑；比赛奖金为1英镑

三,。字号为10；最多1000条路线；最大e值为0.0001；开缺口罚款5英镑；差距扩大处罚为2；错配惩罚为3；比赛奖金2“

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我从中了解到，我必须使用

子流程

从终端执行某些操作。这里的问题是我不知道如何使用

子流程

设置3个必需的参数

到目前为止，我掌握的代码如下：

class Main()
    def __init__(self): # we're using self so that we can refer to this function outside of this area # the default __init__ function is being redefined
        parameters = [___,___,___]
        self.alignments = []
        for p in parameters:
            self.alignments.append(self.align(p))

    def align(self,pars): 
        subprocess # I don't know what to add here
        # output is test of alignment objects

if (__name__ =="__main__"):
    Main() # Create an object of the main class
    # we don't need to do this:
    # m.align.seqs()
    # m.color = blue
    m = Main()
    m.align()
    m.parse()
    m.filter()
    m.make_dm()

我被要求使用大部分代码。if语句后面的注释行被给出了，所以我不知道如何解释这些

我试着用我的作业笔记来处理“子流程”，但它只是这样，对我没有帮助：

'''Example to run a shell process via a Python script and capture STDOUT'''

import subprocess

command_list = ['blastn', '-help']
cp = subprocess.run(command_list, shell=False, check=True, stdout=subprocess.PIPE)
output = cp.stdout.decode()

print('number of characters =', len(output))
print('number of lines =', len(output.splitlines()))
print('thread lines:')
for line in output.splitlines():
    if 'threads' in line:
        print(line)

我的问题：我应该如何在一个类中完成这一切，以及如何使用“subprocess”执行“blastn”来对齐两个基因组？说明中列出的3个参数应该放在空参数列表中，我不知道如何包含它们。

如果这很难理解，我深表歉意，但我试着询问了许多比我更了解Python的人，他们也被卡住了。如果我能澄清我提到的任何事情，请告诉我

评论：…我仍然不理解“main”以及在类中包含它的位置

\uuuu main\uuuu与

类

无关
这只是一种习惯用法，用于在模块作为脚本运行时有条件地执行代码。将其视为main的起点。例如，在my_script.py中有以下3行代码。

python my_script.py

将开始执行

main（）

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阅读：

阅读：

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阅读：

Ok，这对类的解释稍微好一点，但我仍然不理解“main”以及在类中包含它的位置，或者在该语句下面的行中编写什么代码。

'''Example to run a shell process via a Python script and capture STDOUT'''

import subprocess

command_list = ['blastn', '-help']
cp = subprocess.run(command_list, shell=False, check=True, stdout=subprocess.PIPE)
output = cp.stdout.decode()

print('number of characters =', len(output))
print('number of lines =', len(output.splitlines()))
print('thread lines:')
for line in output.splitlines():
    if 'threads' in line:
        print(line)

if __name__ == "__main__":
    # execute only if run as a script
    main()