python图中未知标签和边的处理

我有两个数组，a和b。我想绘制

networkx

图，将彼此接近的值分组，并相应地标记它们。知道怎么做吗？

找到紧密配对

您的算法会找到距离

b

的每个点最近的

a

点，但您需要在距离的某个阈值内确定它们的列表（在大多数情况下可能为空）。这可以借助于

scipy.spatial.KDTree

：

import numpy as np
from scipy.spatial import KDTree
from itertools import chain
def nearby_pts(a, b, distance):
    # indices of close points of `b` for each point of `a`
    a_data, b_data = np.expand_dims(a, axis=1), np.expand_dims(b, axis=1)
    idx = KDTree(b_data).query_ball_point(a_data, r=distance)
    return idx

然后，您可以找到连接从

a

到

b

的闭合点索引对的边。这不能完全矢量化，但我尽了最大努力：

def close_pairs(a, b, distance):
    pts = nearby_pts(a, b, distance).tolist()
    pts_flatten = list(chain(*pts))
    idx = np.repeat(np.arange(len(pts)), [len(n) for n in pts])
    return np.c_[idx, pts_flatten]

输出：

>>> close_pairs(a, b, distance=150)
[[0, 12], [1, 11], [2, 13], [3, 7], [5, 10], [5, 15], [6, 8], [7, 1], [8, 2], [9, 3], [9, 14], [10, 0], [11, 6], [12, 4], [13, 5], [13, 15], [14, 3], [15, 10]]

绘制图形

现在可以根据找到的边创建图形了，但首先需要重新标记节点的第二部分（

b

），以避免与

a

部分重复。因此，您只需将

len（a）

添加到

b

节点的索引中即可：

import igraph as ig

pairs_relabel = close_pairs(a, b, distance=150) + [0, len(a)]
g = ig.Graph(n = len(a) + len(b))
g.add_edges(pairs_relabel)

pal = ig.drawing.colors.ClusterColoringPalette(2) #number of colors used is 2
color = pal.get_many([0]*len(a)+[1]*len(b)) #tags of colors
labels = np.r_[a.astype(int), b.astype(int)] #labels are integral values of nodes

ig.plot(g, bbox=(500, 300), vertex_size=24, 
        vertex_color = color, vertex_label_size=9, vertex_label = labels)

---

非常感谢您的支持。但是，当我运行这段代码时，我在getattr raise TypeError（“plotting not available”）@AnkitaDebnath中的第396行收到以下错误“文件”C:\Users\rp603\Anaconda3\lib\site packages\igraph\drawing\utils.py”，请尝试从安装

pycairo

，尤其是用于打印。您可能还希望看到我对

networkx

和

igraph

的分析，我已经在系统中“pycairo”了，并且当我重新运行您的程序时。我仍然得到这个错误。我安装了'pycairo'版本：1.19.1。构建通道：py38h63da52a_o。是否可以使用matplotlib库打印？如果是，怎么办？@AnkitaDebnath抱歉等了这么久。这可能是python版本的问题。自从python igraph 0.8发布以来，不需要任何非官方的二进制文件。我已经在一个新的conda环境中测试了我的答案的一个脚本：conda create--name testigraph<代码>康达安装jupyter<代码>conda安装scipy

pip安装pythonigraph

python安装pycairo

。自动选择了我的

pycairo

版本：

pycairo-1.20.0-cp38-cp38-win_amd64。whl

@AnkitaDebnath Matplotlib不支持

igraph

。关于这个话题我已经做了一些。此外，

cairo

surfaces的用法是在python中使用的，与R不同。好吧，谢天谢地，至少它有那么少的特性。