循环中的python numpy数组内存错误

在使用大型numpy阵列时，我遇到了一个非常奇怪的问题。这是基本的背景。我有大约15个成对对象的列表，我正在为它们构造邻接矩阵。每个邻接矩阵约为4000 x 4000（正方形矩阵，其中对角线表示对象与其自身配对），因此它很大，但不太大。以下是我的代码的基本设置：

def createAdjacencyMatrix(pairedObjectList, objectIndexList):
   N = len(objectIndexList)
   adj = numpy.zeros((N,N))
   for i in range(0, len(pairedObjectList):
      #put a 1 in the correct row/column position for the pair etc.

   return adj

在我的脚本中，我调用这个函数大约15次，每对对象列表调用一次。但是，每次运行时都会出现以下错误：

    adj = np.zeros((N,N))
MemoryError

我真的不明白内存错误是从哪里来的。尽管我正在制作这个大矩阵，但它只存在于该函数的范围内，所以它不应该在每次函数完成时从内存中清除吗？更不用说，如果同一个变量在内存中挂起，那么它不应该覆盖这些内存位置吗

非常感谢理解这一点的任何帮助

编辑：这是回溯的完整输出

Traceback (most recent call last):
  File "create_biogrid_adjacencies.py", line 119, in <module>
    adjMat = dsu.createAdjacencyMatrix(proteinList,idxRefDict)
  File "E:\Matt\Documents\Research\NU\networks_project\data_setup_utils.py", line 18, in createAdjacencyMatrix
    adj = np.zeros((N,N))
MemoryError

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“create_biogrid_adjacencies.py”，第119行，中
adjMat=dsu.createAdjacencyMatrix（proteinList，idxRefDict）
文件“E:\Matt\Documents\Research\NU\networks\u project\data\u setup\u utils.py”，第18行，在createAdjacencyMatrix中
adj=np.零（（N，N））
记忆者

为什么说它只存在于该函数的作用域中，而实际上您返回了adj？或者“该函数”指的不是

createAdjacencyMatrix

？您可以上传完整的回溯，以便更好地解决问题。如果

adj

中的值总是0或1，您可以使用

adj=numpy.zeros（（N，N），dtype=numpy.uint8）来节省一些内存。然后每个元素使用1个字节而不是8个。@WarrenWeckesser我考虑过这一点，它可能适用于这种情况，但我正在试图找出潜在的机制。即使我返回它，它也只是脚本中for循环中的一个变量，然后在下一个变量出现之前保存到文件中。另外，为什么内存错误来自该行，而不是脚本中的变量溢出loop@Matt您可能希望在您正在谈论的外部for循环中放入一条print语句。知道你的程序在迭代多少次后遇到内存错误是很有用的——直接使用15个矩阵中的第一个矩阵，或者更进一步。此外，每个对象是否属于唯一的一对？或者它可以是许多对的一部分？如果是前者，那么邻接矩阵的空间效率非常低。您正在使用O（N^2）数量的空间，而不仅仅是O（N）数量。