python如何计算从另一个输入文件中提取的事件数

我的问题是如何计算我使用上述脚本提取的轨迹id的数量。

您可以在它们出现时进行计数，也可以将它们存储在容器中

计数

#!/usr/bin/python
import os
import re
path=os.getcwd()
list_dir=os.listdir(path+'//Osativa')
if not os.path.exists('results'):
    os.makedirs('results')
fo1=open('./results/annotation.txt','w')
f1=open(path+'//CLEAN FILE.csv').readlines()
f2=open(path+'//Osativa//Osativa_323_v7.0.annotation_info.txt').readlines()
for line in f1:
    locus_id=line.split(',')[1]
    if locus_id.startswith('LOC'):
            print locus_id

容器

num = 0
for line in f1:
    locus_id=line.split(',')[1]
    if locus_id.startswith('LOC'):
            num += 1
print(num)

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您可以使用

csv

模块

读取文件后，遍历每一行，获取第一项（

行[1]

），并检查是否存在“LOC”。他们将结果列表相加

ids = []
for line in f1:
    locus_id=line.split(',')[1]
    if locus_id.startswith('LOC'):
            ids.append(locus_id)
print(len(ids))

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如果您觉得某个答案最适合您的问题，请勾选下面的勾号，对每个答案进行向上/向下投票！请参阅此链接：

import csv
f1=open(path+'//CLEAN FILE.csv')
reader = csv.reader(f1)
print sum(1 for line in reader if 'LOC' in line[1])