R pheatmap（）条件分组中的小故障以及其他混淆点

我想在为DGE制作的热图上标注我的状况。 此代码：

mat <- assay(rld)[topVarGenes,]
condition = c("black", "orange")
names(condition) = c("Dark", "Light")
ann_colors = list(condition = condition)
pheatmap(mat, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(24), annotation_colors = ann_colors[1], border_color = "grey60", fontsize = 12, scale = "row")

产生以下错误： 转换注释时出错（注释颜色、注释颜色）： 可变条件下的系数级别与注释颜色不匹配

最后，我尝试了我在堆栈溢出帖子中找到的这段代码来定义注释，它让R使用正确的颜色，但它们的顺序与条件不符，因为%%2==0导致它将每隔一个样本标记为“light”，但我想不出还有什么其他方法。代码如下：

 pheatmap(mat, annotation = annotation, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(24), annotation_colors = ann_colors, border_color = "grey60", fontsize = 12, scale = "row")

annotation <- data.frame(condition = factor(1:6 %% 2==0, labels = c("Dark", "Light")))

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annotation在vignette中不太清楚，但您可以按照以下步骤生成正确的data.frame和list，没有理由不工作：

首先，我制作了一个类似于您的矩阵：

library(pheatmap)
M = cbind(matrix(runif(30,min=0,max=0.5),ncol=3),
matrix(runif(30,min=0.3,max=0.8),ncol=3))
rownames(M) = paste0("row",1:10)
colnames(M) = paste0("sample",1:6)

假设前3列为“亮”，后3列为“暗”。为此，我们创建一个data.frame，重要的是让行名与矩阵的列名匹配：

ann_column = data.frame(
condition = rep(c("light","dark"),each=3))
rownames(ann_col) = colnames(M)

ann_column
  condition
1     light
2     light
3     light
4      dark
5      dark
6      dark

现在，对于颜色，您需要一个列表，名称需要与上面的数据框相匹配，在灯光内部，您需要指定与什么颜色匹配的因子，因此：

ann_colors = list(condition = c(dark="black",light="orange"))

我们得出：

pheatmap(M,annotation_col=ann_col,annotation_colors=ann_colors)

嘿，欢迎来到SO。我已经修改了你的问题，将图像嵌入为合适的图像。您可以通过编辑器中的“图像”按钮执行此操作。希望这有帮助
pheatmap(M,annotation_col=ann_col,annotation_colors=ann_colors)