克尼特·潘多克：“这是一个很好的例子。”；无法使用pdf writer生成pdf输出；

预先：在knitr中使用

pandoc（）

，它在试图将.md或.Rmd编译成PDF时会发出抱怨

我正在简化可重复性研究的过程，正如许多地方所记录的那样。我正在使用

pandoc

和

knitr

并生成很棒的文档。我还试图为一些不太擅长编程的同事简化程序，但我们正在尝试使用类似的文件。“用户友好”的以降价为中心的编辑器有几种选择，出于几个原因，我倾向于使用RStudio（对他们来说，emacs/ess对我来说，但这是不同的）

我的工作流程：给他们一个降价（.md或.Rmd）文件，让他们能够进行更改，并有选择地将其重新呈现为PDF格式。不幸的是，RStudio（AFAICT）不允许设置模板或其他任意的pandoc配置参数（例如，章节、编号部分），因此在R/knitr中使用

pandoc（）

，在这里很有意义

使用

whitepaper.Rmd

作为输入文件，我在R中运行

pandoc（'whitepaper.Rmd'，'pdf'）

，并立即得到：

> pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')
executing pandoc  -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -t pdf -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"
pandoc.exe: cannot produce pdf output with pdf writer
Error in (function (input, format, ext, cfg)  : conversion failed

我的knitr特定头中明确地有“t:latex”，但没有它，

pandoc（）

仍在向系统调用添加“-t pdf”，这是

pandoc.exe

不接受的

对于疑难解答，如果我删除

'-t pdf'

，命令工作正常，因此输入文件本身似乎没有问题：

> system('pandoc  -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"')

关于这个话题，已经有很多其他的对话：，，以及大量的讨论。它们都解决了需要命令行工作、额外中间步骤、外部makefile或

knit2pdf（）

（使用texi2pdf，不需要）的解决方案

我看到的约束：

• 在R环境中易于操作
• 在文件配置中利用易慧的“
  ”（允许 让我继续在我的模板之间任意切换（举几个例子之一）
• 最好使用一个“标准化”命令（即“

  pandoc（'whitepaper.Rmd'，'pdf'）

  ”）执行此命令

。。。因此，一旦在文件中设置了参数，编辑和重新渲染就相对而言是大脑死亡

我可以修补并覆盖Yihui的

knitr:：：pandoc_one（）

，以删除添加了'-t'和format的违规内容，但我想知道在其他地方可能会产生什么副作用。这种解决方案既不可持续，也不是“正确的方式（tm）”

解决这个问题的“正确方法（tm）”建议？我是否错过了一个简单/明显的解决方案

顺便说一句：谢谢谢一辉，感谢knitr，感谢约翰·麦克法兰，感谢潘多克。令人敬畏！

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（也许我可以向其中一方或双方提交补丁建议，以解决我的用例问题，不过如果只有我一个人，那么可能不值得。）

我认为您需要的所有信息都在

？pandoc

中，其中包括运行

系统（“pandoc-h”）

以查看可能的输出格式的示例。从中你可以学到

输出格式：ascidoc、beamer、context、docbook、docx、dzslides、， epub，epub3， fb2、html、html5、json、latex、man、markdown、markdown_github、， markdown\u mmd、markdown\u phpextra、markdown\u strict、mediawiki、， 原生、odt、opendocument、opml、org、pdf*、普通、revealjs、， rst、rtf、s5、slideous、Slidey、texinfo、纺织 [*对于pdf输出，使用latex或beamer和-o FILENAME.pdf]

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所以基本上

format=“pdf”

是无效的，你应该使用

pandoc（“tmp.Rmd”，format=“latex”，ext=“pdf”）

（实际上，根据

？pandoc

，默认部分是

pandoc（“tmp.Rmd”，“latex”）

）。至于为什么

pandoc（'whitepaper.Rmd'，'pdf'）

导致调用

-t pdf

，那么，您在调用

pandoc（）

的第二个参数中告诉它这样做

（你知道，我忙于研究所有其他帖子和问题，以至于我忽略了

？pandoc

中的

ext

选项和用纯文本编写的示例。叹气。谢谢。）