在R中绘制pheatmap时，如何对簇叶（列）重新排序？

我正在绘制一组15个样本，分为三组a、B、C，热图顺序为C、a、B（我读过这篇文章是因为它在右侧绘制了最相似的集群）。我想对簇进行排序，以便簇的叶子被视为A、B、C（因此重新组织簇分支的顺序。是否有一个函数可以帮助我这样做

我使用的代码是：

library(pheatmap)

pheatmap(mat, annotation_col = anno, 
    color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(50), show_rownames = F)

（cluster_cols=FALSE根本不会对样本进行聚类，但这不是我想要的）

我在另一个论坛上也发现了这一点，但我不确定如何更改功能代码，以及它是否适用于我：

clustering\u回调函数，用于修改集群。是 使用两个参数调用：原始hclust对象和使用的矩阵 用于群集。必须返回hclust对象

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您好，我不确定这是否对您有帮助，但当您选中

？pheatmap

并向下滚动到示例时，最后一段代码实际上给出了该示例

# Modify ordering of the clusters using clustering callback option
callback = function(hc, mat){
    sv = svd(t(mat))$v[,1]
    dend = reorder(as.dendrogram(hc), wts = sv)
    as.hclust(dend)
}

pheatmap(test, clustering_callback = callback)

我在我的热图上尝试了它，之前定义的函数实际上按照我需要的方式对集群进行了排序。尽管我不得不承认（因为我是R新手），但我并不完全理解定义的

回调

函数的功能

也许您还可以使用

dendsort

编写函数，因为我知道您可以使用它对树状图的分支进行重新排序。

#install.packages（“dendsort”）
# install.packages("dendsort")
library(dendsort)

sort_hclust <- function(...) as.hclust(dendsort(as.dendrogram(...)))

cluster_cols=sort_hclust(hclust(dist(mat)))

图书馆（dendsort）
sort_hclust在这种情况下，幸运的是列的聚类与样本编号顺序一致（类似于树状图），因此我添加了cluster_cols=FALSE，解决了重新聚类列的问题（并避免编写回调函数）

pheatmap(mat, 
         annotation_col = anno, 
         fontsize_row = 2, 
         show_rownames = T, 
         cutree_rows = 3, 
         cluster_cols = FALSE)

Hi@keryruo列的顺序将作为样本编号，而不是树状图，是否有函数用于此？ThanksHi Ecg，您想提取样本名称，其顺序与pheatmap列中的顺序相同？out Hi@han50000列的顺序将作为样本编号，而不是树状图，是否有函数用于此？as.numeric？我有no体验写作功能，谢谢