R 为什么melt（重塑2）用列顺序号替换列名？

我有一个SNP差异的74x74成对距离矩阵，其中第一列和第一行对应于隔离的编号，如下所示：

        26482RR 25638   26230   25689RR 25954
26482RR 0       8       0       6       0
25638   8       0       8       14      8
26230   0       8       0       6       0
25689RR 6       14      6       0       6
25954   0       8       0       6       0

M = structure(c(0L, 8L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 8L, 14L, 8L, 0L, 8L, 
0L, 6L, 0L, 6L, 14L, 6L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 6L, 0L), .Dim = c(5L, 
5L), .Dimnames = list(c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR", 
"25954"), c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR", "25954")))

我想将这个矩阵转换成每对分离株的SNP差异表，如下所示：

Col      Row    SNP differences
26482RR  25638   8
26482RR  26230   0
26482RR  25689RR 6
26482RR  25954   0
25638    26230   8
25638    25689RR 14
25638    25954   8
...

以绘制此数据并将其与其他矩阵关联。我是R的初学者，因此经过一点搜索后，我决定应用以下代码：

st1076 <- read.csv("st1076.csv", header=TRUE, sep=";")
m1 <- as.matrix(st1076)
m1 <- m1[upper.tri(m1)] <- NA
m1_melted <- reshape2:::melt.matrix(m1, na.rm = TRUE)
colnames(m1_melted) <- c("Col","Row","SNP differences")

从我在其他相关问题中看到的情况来看，使用

melt.matrix

应该可以解决这个问题，但对我不起作用

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有人能帮我理解为什么会这样吗？你对如何克服它有什么建议吗？

我认为你的代码是正确的，除了从csv读取。由于csv被

read.csv

解释为数据帧，因此需要进行一些处理以获得矩阵：

DF = read.csv("st1076.csv", sep=";", row.names=1, check.names=FALSE)
M = as.matrix(DF)

res <- reshape2::melt(replace(M, upper.tri(M), NA), 
  varnames = c("Col", "Row"), 
  value.name = "SNP differences", 
  na.rm = TRUE
)

head(res)
      Col     Row SNP differences
1 26482RR 26482RR               0
2   25638 26482RR               8
3   26230 26482RR               0
4 25689RR 26482RR               6
5   25954 26482RR               0
6   25692 26482RR               2

DF=read.csv（“st1076.csv”，sep=“；”，row.names=1，check.names=FALSE）
M=作为矩阵（DF）
res我无法从您的csv开始复制，但使用我在其中编辑的M（似乎与您的显示相匹配），
melt（替换（M，upper.tri（M），NA），varnames=c（“Col”，“Row”），value.name=“SNP differences”，NA.rm=TRUE）
。。？我想也许你正在以某种方式融化一个data.frame。@Frank这是我的.csv文件：（），请看一下。我检查了每个步骤的输出，但仍然无法解释问题，似乎一切正常。我之前忘记提到，但最终输出表的第一部分是：Col:1，Row:X，SNP差异：26482RR，对于前74个条目。我想我可以删除这些第一个条目，但也许它们与问题有关。好的，我想我明白了。您可以通过上面的代码确认
st1076
不是矩阵的良好表示，因为
dim（st1076）
不是74x74。我在下面展示了一种更好的阅读方法
DF = read.csv("st1076.csv", sep=";", row.names=1, check.names=FALSE)
M = as.matrix(DF)

res <- reshape2::melt(replace(M, upper.tri(M), NA), 
  varnames = c("Col", "Row"), 
  value.name = "SNP differences", 
  na.rm = TRUE
)

head(res)
      Col     Row SNP differences
1 26482RR 26482RR               0
2   25638 26482RR               8
3   26230 26482RR               0
4 25689RR 26482RR               6
5   25954 26482RR               0
6   25692 26482RR               2