R 使用monocle3组合单元数据集

我正在尝试使用RStudio中的monocle3包组合2个单元格数据集：

combine_cds()

但是，NAs和冲突会导致单元无法基于这两个数据集对齐和分离。我主要感到困惑，因为我以前运行过这段代码，而且来自不同数据集的单元集成在一起了。但是，当我现在绘制单元格时，在合并单元格数据集、预处理、对齐、缩小新单元格数据集（称为“大CD”）的维度并对单元格进行聚类后，该图显示了由两个数据集分隔的单元格簇。如果您对代码在以前没有集成数据集的原因和/或如何解决此问题有任何建议，将不胜感激-提前感谢

使用的代码：

big_cds <- combine_cds(list(1_cds,2_cds))

#Find expressed genes
big_cds <- detect_genes(big_cds)
cellCutoff<-10
expressed_genes <- fData(big_cds)$gene_short_name[fData(big_cds)$num_cells_expressed >= cellCutoff]

#Preprocessing
big_cds <- preprocess_cds(big_cds,
                      num_dim = 20,
                      verbose=TRUE,
                      cores=8,
                      use_genes=expressed_genes)
plot_pc_variance_explained(big_cds)

#Align big_cds
big_cds = align_cds(big_cds, num_dim = 100, alignment_group = "dataset")

#Dimension reduction
big_cds <- reduce_dimension(big_cds,
                        max_components=2,
                        preprocess_method='PCA',
                        reduction_method="UMAP",
                        umap.metric="cosine",
                        umap.n_neighbors= 15L,
                        umap.fast_sgd=TRUE,
                        cores=8,
                        verbose=TRUE
                        )

#Clustering
big_cds <- cluster_cells(big_cds,
                     #resolution=NULL,
                    python_home = "C:/Users/myname/Anaconda3/pkgs/python-3.8.5-h5fd99cc_2_cpython",
                     resolution=c(10^seq(-6,-3)),
                     k=50,
                     verbose=TRUE
                     )

#Plot cells
plot_cells(big_cds)

big\u光盘