R 从图形中提取一个方面

我有两个图，每个图显示不同类型的数据（疫苗和疾病），我想提取这些图的片段，以生成每个受试者的图，其中包含疫苗和疾病，根据原始图上色

vac
  subject age  vaccine
1     E11 1.0 DTaP-IPV
2     E11 3.0 DTaP-IPV
3     E22 1.0 DTaP-IPV
4     E22 2.0     Rota
5     E22 3.0 DTaP-IPV
6     E22 3.3     Rota

ill
  subject age       illness
1     E11 0.5 ear infection
2     E11 2.0 ear infection
3     E22 0.8         fever
4     E22 1.2         fever
5     E22 3.0 ear infection

ggplot(vac,aes(x=age,y=subject,color=vaccine))+geom_point(size=5) +
  scale_color_brewer(palette="Set1",drop = FALSE)+facet_grid(subject~.)

现在，我想为E11绘制一个图，其中有一行疫苗（用Set1颜色表示），一行疾病（用Set3颜色表示），E22也是如此

我有很多数据类型，约40个主题，所以当然，我希望这是自动完成的，而不是通过illustrator等

我认为GTTable是一条路要走，但不确定如何提取一个方面

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多谢各位

这里有一个快速的解决方案，可能会帮助您朝着正确的方向前进。试试看

require(reshape2)
require(plyr)
dat <- melt(join(vac, ill, type="full"), id.vars = c("subject", "age"), na.rm=TRUE)

ggplot(dat, aes(x=age,y=variable, color=value))+geom_point(size=5) +
  scale_color_brewer(palette="Set1",drop = FALSE)+facet_grid(subject~.)

require（重塑2）
需要（plyr）
dat下面的代码将
vac
和
ill
组合在一个数据帧中（添加一个新变量
type
以区分疫苗和疾病），这将允许我们在调用
ggplot
的一次调用中绘制疾病和疫苗。代码有点笨重，但我希望它能让你更接近你想要的东西

library(RColorBrewer)
library(gridExtra)

# Combine data frames vac and ill by adding a new column 
# called "type" and changing name of the third column to "condition"
vac$type = "Vaccine"
names(vac)[3] = "condition"

ill$type = "Illness"
names(ill)[3] = "condition"

dat = rbind(vac, ill)

# Convert condition to a factor to get the levels ordered properly
dat$condition = factor(dat$condition, 
                       levels=c(unique(dat$condition[dat$type=="Vaccine"]), 
                                unique(dat$condition[dat$type=="Illness"])))

dat
   subject age     condition    type
1      E11 0.5 ear infection Illness
2      E11 2.0 ear infection Illness
3      E22 3.0 ear infection Illness
4      E22 0.8         fever Illness
5      E22 1.2         fever Illness
6      E11 1.0      DTaP-IPV Vaccine
7      E11 3.0      DTaP-IPV Vaccine
8      E22 1.0      DTaP-IPV Vaccine
9      E22 3.0      DTaP-IPV Vaccine
10     E22 2.0          Rota Vaccine
11     E22 3.3          Rota Vaccine

现在我们为每个主题生成一个图，将每个图放在一个列表中，然后将所有图保存在一个PDF文件中。
ggplot
代码的工作原理如下：


通过
主题
刻面，这样我们就可以得到一个带有主题ID的条带
通过
类型
，我们可以得到疾病和疫苗的单独图表
使用下面创建的调色板获得我们想要的颜色

pal1=c（brewer.pal（n=3，name=“Set1”）[1:2]，
brewer.pal（n=3，name=“Set3”）[1:2]）

下面是图表：
在您在问题中创建的面中，没有在面中的主题有空行。拥有约40个主题，这将创建一个填充行和39个空行的面，这可能不是您想要的

另一种解决方案：

# merging the dataframes together
dat <- merge(vac, ill, by=c("subject","age"), all=TRUE, sort=TRUE)

# creating the plot
ggplot() +
  geom_point(data=dat[!is.na(dat$vaccine),], aes(x=age, y=subject, fill=vaccine), size=10, shape=22) +
  geom_point(data=dat[!is.na(dat$illness),], aes(x=age, y=subject, color=illness), size=7, shape=17) +
  scale_fill_brewer(palette="Set1") +
  scale_color_brewer(palette="Set2") +
  theme_bw()

#将数据帧合并在一起
dat谢谢Leandro，但这里的问题是我只能为所有点提供一种颜色方案。如果我单独生成绘图，我可以为每个变量提供不同的颜色方案。谢谢我不确定除了使用单独的配色方案来形成一个“主”配色方案，然后应用于整个绘图之外，是否还有其他方法。但为了做到这一点，您需要了解每种数据类型有多少因素。如果你在这方面需要帮助，我可以提供一个例子。你想要一个传奇吗？因为如果你这样做的话，那将是另一个问题。我可以不用传奇。谢谢@你的问题有几个有用的答案。由于您对Stack Overflow非常陌生，因此我想提醒您注意以下帮助页面：
p = list() 
for (i in unique(dat$subject)) { 
  p[[i]] = ggplot(dat[dat$subject==i,], 
                  aes(x=age, y=condition, colour=condition)) +
    geom_point(size=5) + 
    scale_color_manual(values=pal1, drop=FALSE) + 
    facet_grid(type ~ subject, scale="free") + ylab("") + 
   guides(colour=FALSE) 
}

pdf("plots.pdf", 9,5)
do.call("grid.arrange", p)  
dev.off()

# merging the dataframes together
dat <- merge(vac, ill, by=c("subject","age"), all=TRUE, sort=TRUE)

# creating the plot
ggplot() +
  geom_point(data=dat[!is.na(dat$vaccine),], aes(x=age, y=subject, fill=vaccine), size=10, shape=22) +
  geom_point(data=dat[!is.na(dat$illness),], aes(x=age, y=subject, color=illness), size=7, shape=17) +
  scale_fill_brewer(palette="Set1") +
  scale_color_brewer(palette="Set2") +
  theme_bw()