rcdk R包无法从SMILES代码计算指纹

rcdk R包无法从SMILES代码计算指纹,r,bioinformatics,cheminformatics,R,Bioinformatics,Cheminformatics,我正在使用chEMBL 22数据库中FDA批准的药物的微笑代码。我正在使用,我正在使用以下代码: library(rcdk) dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T) smi <-lapply(as.character(dat1$CANONICAL_SMILES),parse.smiles) cmp.fp<-vector("list",nrow(dat1)) ## generate finge

我正在使用chEMBL 22数据库中FDA批准的药物的微笑代码。我正在使用,我正在使用以下代码:

library(rcdk)

dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T)
smi <-lapply(as.character(dat1$CANONICAL_SMILES),parse.smiles)
cmp.fp<-vector("list",nrow(dat1))

## generate fingerprints
for (i in 1:nrow(dat1)){
  cmp.fp[i]<-lapply(smi[[i]][1],get.fingerprint,type="maccs")

}

##Convert fingerprints to matrix form
fpmac<-fp.to.matrix(cmp.fp)
cmp.finger<-as.data.frame(fpmac)
库(rcdk)

dat1未安装rcdk软件包时,会出现错误。由于rJava软件包要求导致的错误加载而发生错误。rcdk包要求jdk为7或更多。回显JAVA_主页,并随语言一起更新区域设置。应更新环境变量。更新java环境后,关闭R并重新启动R控制台。请记住:rcdk包还需要支持指纹库和rJava库

smi <- lapply(as.character(chembl_22_drug_export$CANONICAL_SMILES), parse.smiles)
Error in .jnew("org/openscience/cdk/smiles/SmilesParser", dcob) : 
  Java Exception <no description because toString() failed>.jnew("org/openscience/cdk/smiles/SmilesParser", dcob)<S4 object of class "jobjRef">