在R中创建映射路径频率的树图

我很难给这篇文章起标题，但希望下面的例子和解释能有所帮助。我想创建一个树形图，显示数据中不同“路径”的频率。我有以下数据帧：

zed = data.frame(
  node1 = c("A", "A", "A", "A", "A", "A", "A", "A"),
  node2 = c("A", "B", "A", "B", "A", "B", "A", "B"),
  node3 = c("B", "C", "D", "D", "C", "D", "C", "C"),
  node4 = c("C", "C", "D", "D", "D", "D", "D", "C"),
  stringsAsFactors = FALSE
)

我想在R中创建一个图形，沿着这些线（在excel中快速绘制的草图）：

实际上，数据帧中的每一行都是一条路径。所有路径都从“A”开始，这就是为什么“A”是单个顶部节点，然后（在本例中）它们前进到B、C和D。某些路径出现的频率比其他路径更高（A->B->C->C显示两次，而其他一些路径显示一次），我想这会反映在节点的大小上

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我不确定是否应该为此重新格式化我的数据，也不确定哪个R图形库最适合这样做。很高兴添加更多内容-感谢您的帮助

我只想看看iGraph和data.tree两个包，看看哪个包更适合制作我的这个图

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如果我成功了，我会尽量记住在这里发布更新。

我将给出的建议是针对

igraph

软件包：

要从数据帧创建图形，您的数据必须采用长格式，其中前两列表示节点链接的来源（第一列）和链接的目的地（第二列）。此外，节点的名称必须是唯一的，因此从“A”到“A”的边只是指向自身的节点。您的数据具有名为“A”的不同节点。使用您的数据，您需要执行以下操作：

zed$node1 <- paste0(zed$node1, '_1')
zed$node2 <- paste0(zed$node2, '_2')
zed$node3 <- paste0(zed$node3, '_3_', 1:nrow(zed))
zed$node4 <- paste0(zed$node4, '_4_', 1:nrow(zed))

edgelist <- rbind(
  as.matrix(zed[c('node1', 'node2')]),
  as.matrix(zed[c('node2', 'node3')]),
  as.matrix(zed[c('node3', 'node4')])
)

library(igraph)
g <- graph_from_data_frame(edgelist)
plot(g, layout = layout_as_tree(g))

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zed$node1我不清楚你在问什么。您似乎要求节点的大小反映路径的频率，但大多数节点都涉及多条路径。因此，此大小必须反映多个频率。