R 如何对PCoA散点图进行彩色编码

所以我对这件事还不熟悉。我需要在以下数据矩阵上运行PCoA。我能够使用ADE4、labdsv、银杏、Aabel软件进行分析。困扰我的是如何在散点图中对标签进行颜色编码。我的矩阵是一个存在/不存在矩阵，顺序如下：

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

---

我想要的是用红色表示

A1

，

A2

和

A3

，

B1

和

B2

，所有

E

用黑色表示。任何帮助都将不胜感激。

只需将表示这些组的因子传递给plotting命令：

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

此外，如果要设置特定的颜色，则始终可以使用相同的方法将其索引到自定义列表中：

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)

---

谢谢你的回复。实际上，我的矩阵就像一个距离矩阵（n*n）。我正在使用cmdscale（距离矩阵，k）进行主坐标分析（PCoA）。所以在我的距离矩阵中，我在第一行和第一列都有物种名称。我使用“散布”向我显示cmdscale返回的PCoA对象，我看到我的物种以我想要的方式绘制。但不知道如何对它们进行颜色编码。您提供的答案是否也适用于距离矩阵？我是RAhh gotcha的绝对初学者。是的，这是为大多数R打印命令提供颜色的标准方法。祝你好运这条线是干什么的？data.pca=prcomp（数据[，-1]）是否可以添加图例？