R 单次观测的道具检验
我的情况是这样的: 我制作了1000个由基因组成的随机列表(这里只报告了4个随机列表)。我检查了列表中有多少基因发生了变异。这里突变的基因在突变的_基因专栏中报道。这只是一个计数。预期值为p=0.02(p列) DFRR 单次观测的道具检验,r,R,我的情况是这样的: 我制作了1000个由基因组成的随机列表(这里只报告了4个随机列表)。我检查了列表中有多少基因发生了变异。这里突变的基因在突变的_基因专栏中报道。这只是一个计数。预期值为p=0.02(p列) DFR Mutated_genes Tot p 29 1600 0.02 27 1600 0.02 30 1600 0.02 8
Mutated_genes Tot p
29 1600 0.02
27 1600 0.02
30 1600 0.02
8 1600 0.02
我想进行卡方检验。为此,我使用了以下代码:
prop.test(DFR$Mutated_genes, p = DFR$p, DFR$Tot, alternative="two.sided", conf.level=.99)
问题是它在整个矩阵上执行卡方运算。事实上,输出是:
X平方=10009.67,df=1000,p值<2.2e-16替代假设:双边 我想得到每一行的卡方值,所以对于每一次观察。如何做到这一点 提前感谢。试试这个:
apply(DFR$Mutated_genes, 1, function(x) prop.test(x[1], p = x[3], x[2],
alternative="two.sided", conf.level=.99))
我希望这一切顺利。谢谢阿里,但是出现了一条错误消息:错误:apply(DFR$Mutated_genes,1,function(x)prop.test(x[1],p=[”@Bnf8在
p=[3]
中缺少一个x。我建议您使用一个可用的IDE。