减少并拆分为R中的几列

我的氨基酸突变数据有一个问题。比如说,

p.K303R   
p.?
p.R1450*

我想要这样的退出

AA_mutation wt_residue  position    mt_residue
p.K303R       K          303           R
p.?         
p.R1450*      R           1450         *

我想从数据中删除“p.”、“？”，并将其拆分为三个新变量。我在excel上管理过，但在R平台上没有。 有人能在R上帮我吗。 问候

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Fakhrul

使用

dplyr

和

extract

（have），我们可以使用：

library(dplyr)
df <- data.frame(AA_mutation = c("p.K303R", "p.?", "p.R1450*"))
df <- df %>%
  extract(AA_mutation, 
          into = c("wt_residue", "position", "mt_residue"), 
          regex = "p\\.([A-Z])?(\\d+)?([A-Z*])?",
          remove = FALSE)
df

库（dplyr）
df这里有一个带有
base R

lst <- regmatches(df1[[1]], gregexpr("([a-z]+)|([A-Z*]+)|[0-9]+", df1[[1]], perl = TRUE))
res <- do.call(rbind.data.frame, lapply(lst, `length<-`, max(lengths(lst))))
names(res) <- c("AA_mutation", "wt_residue",  "position",    "mt_residue")
res
#  AA_mutation wt_residue position mt_residue
#1           p          K      303          R
#2           p       <NA>     <NA>       <NA>
#3           p          R     1450          *

lst
lst <- regmatches(df1[[1]], gregexpr("([a-z]+)|([A-Z*]+)|[0-9]+", df1[[1]], perl = TRUE))
res <- do.call(rbind.data.frame, lapply(lst, `length<-`, max(lengths(lst))))
names(res) <- c("AA_mutation", "wt_residue",  "position",    "mt_residue")
res
#  AA_mutation wt_residue position mt_residue
#1           p          K      303          R
#2           p       <NA>     <NA>       <NA>
#3           p          R     1450          *