R 用pegas绘制单倍型网络时的突变步长/符号大小

我一直在试图找出如何使代表单倍型网络上突变步骤的小圆圈变大。不管出于什么原因，我认为所有正常的方式似乎都不起作用。似乎无论我做什么，符号都很小。我错过了什么

以下是示例代码的基本部分：

data(woodmouse)
h <- haplotype(woodmouse)
net <- haploNet(h)
plot(net, size=attr(net,"freq")*3,bg=pal,labels=F, fast=F, legend=F, 
      show.mutation=T,threshold=0)
# using scale.ratio = 1, the mutations are visisble
plot(net, size=attr(net,"freq")*3,bg=pal,labels=F, fast=F, legend=F, 
      show.mutation=T,threshold=0,scale.ratio=3)
# but using scale.ratio=3, they get tiny / disappear

数据（woodmouse）
h
cex
控制字体大小，对图形大小没有帮助。从haploNet和plot.haploNet功能的帮助页面：

?haploNet

大小：一个数字向量，给出代表单倍型的圆的直径：这与链接的单位相同，并最终循环使用。

比例。比率：代表单倍型的圆圈比例上表示步数的链接比例。可能需要给出大于1的值，以避免重叠圆

这意味着链接的大小（代表单倍型之间突变的圆圈）与单倍型的大小有关。要相对放大链接大小，需要找到这两个参数的合适组合

set.seed(123)
net <- haploNet(haplotype(woodmouse[sample(15, size = 50, replace = TRUE), ]))

par(mfrow=c(1,2))
plot(net, size=attr(net,"freq"), labels=F, fast=F, legend=F, 
   show.mutation=T, threshold=0, scale.ratio=1)
plot(net, size=attr(net,"freq")*.2, labels=F, fast=F, legend=F, 
   show.mutation=T, threshold=0, scale.ratio=.2)

set.seed（123）
net（不是我的否决票。）否决票通常意味着你的问题对一个有编程观点的人来说没有意义。人们期望您能够剪切并粘贴将要运行的代码。他们可能不知道这些函数来自哪个软件包，认为你期望我们其他人去查找你应该解释的东西是不礼貌的。（人们应该解释他们的反对票，但是人们已经厌倦了重复那些可能很明显的老一套解释。请不要抗议。只需修改一下你的问题。）谢谢，这很有帮助。我不清楚为什么乘以0.2会使事情变得更大，但我想我会弄明白的。@Lutherblistett圆的大小是相对的，plotting函数会调整实际大小以优化关系的显示。如果答案解决了你的问题，请考虑接受：完成，NYA。我认为我最初的误解是w/r/t cex，它说参数控制“打印文本和符号相对于默认值的缩放量”。