使用R中的for循环查找重叠区域
我正在寻找并返回人类基因组注释文件中与R中给定基因组区域重叠的元素,但它必须是一个for循环 到目前为止,这是我拥有的代码,但我不确定它是否正确,因为我不确定要返回的确切内容,并且它不断给我错误。感谢您的帮助:使用R中的for循环查找重叠区域,r,bioinformatics,genome,R,Bioinformatics,Genome,我正在寻找并返回人类基因组注释文件中与R中给定基因组区域重叠的元素,但它必须是一个for循环 到目前为止,这是我拥有的代码,但我不确定它是否正确,因为我不确定要返回的确切内容,并且它不断给我错误。感谢您的帮助: genome <- "gencode.v31.annotation.gff3.gz" cat("Loading", genome, "at", date()) genomeTable <- read.table(genome, header = F, sep = "
genome <- "gencode.v31.annotation.gff3.gz"
cat("Loading", genome, "at", date())
genomeTable <- read.table(genome, header = F, sep = "\t", nrows = 1000)
colnames(genomeTable) <- c("seqid", "source", "type", "start", "end",
"score", "strand", "phase", "attributes")
chr = 10
q.start = 10000
q.end = 20000
for(i in genomeTable){
if (i < q.start) {
return FALSE
}
if (i > q.end){
return FALSE
} else {
return TRUE
}
} #END FOR LOOP
genome请提供一个可复制的示例如果我理解正确,您应该使用intersect
函数和/或其他set操作。为什么您坚持使用for循环?有许多更好/更快/更通用的功能可以轻松超越for-loop。嗨!我必须为一个类分配找到具有许多不同函数的重叠区域,for循环就是其中之一。