如何确保同一服务器上不同用户之间的R环境一致？

我正在编写一份使用内部软件包“MyPKG”进行可重复分析的方案。每个用户将提供自己的输入文件；除输入外，分析应在相同条件下进行。（例如，我们可以推断不同的结果是由不同的输入文件造成的）

MyPKG正在开发中，因此

library（MyPKG）

将加载用户在其本地库中编译的最后一个版本。它还将加载在其本地库中找到的任何依赖项

但我希望每个人都使用一个特定的版本（MyPKG_3.14）进行分析，同时仍然允许开发更新的版本。如果我理解正确，“R--vanilla”将为每个人加载相同的依赖项

完成后，我们将把工作环境保存为VM，以保持稳定的可复制环境。因此，临时（6个月）解决方案就足够了

我已经提出了两个可能的解决方案，但不确定其中一个是否足够

请服务器管理员将MyPKG_3.14安装到默认的R路径中，然后在协议中提供以下代码：

R --vanilla
library(MyPKG)
....

或

在特定库中编译MyPKG_3.14，例如lib.loc=“/home/share/lib/R/MyPKG_3.14”，然后提供

R --vanilla
library(MyPKG)

---

• 这两种方法是否足以确保每个人都运行相同的版本
• 一个比另一个好吗
• 是否有其他未预见的问题可能出现
• 是否有一个标准化多重分析的首选方案
• 我应该包括对

  SessionInfo（）

  输出的测试吗
• 在服务器上创建一个供所有人使用的帐户是否更好

几点：

• 使用系统范围的软件包安装，例如Debian/Ubuntu二进制软件包R（包括CRAN端口）将尝试使用

  /usr/local/lib/R/site library

  （如果添加到拥有目录的组中，用户也可以安装）。这样每个人都会得到相同的版本
• 使用系统范围的配置，例如，与下面的点文件相比，更喜欢

  $R\u HOME/etc/

  。出于同样的原因，Debian/Ubuntu软件包在

  /etc/R/

• 使用R的工具查询其包（例如

  installed.packages（）

  ）以报告包和版本
• 在可用的情况下，使用操作系统级工具查询操作系统版本和版本。然而，这是不太标准化的

关于最后一点，我家的盒子上写着

> edd@max:~$ lsb_release -a | tail -4
> Distributor ID: Ubuntu
> Description:    Ubuntu 12.04.1 LTS
> Release:        12.04
> Codename:       precise
> edd@max:~$ 

---

这是一个开始。

好问题。我在这个问题上的工作是作为一个更大项目的一部分，并计划发布一个库，该库将在任何执行后生成出处跟踪。比较两条记录道很容易，看看差异是新数据还是新库，如果出现不同的结果，其中一条记录道可以根据需要进行更改。有关详细信息，请发电子邮件给我。@Maiasaura我没有看到你的电子邮件。它是从kram开始的吗？向所有用户推出一个标准的

.Rprofile.site

文件，其中包括一行类似

install.packages（'mypathto/MyPKG_3.14'）的代码就足够了吗；库（MyPKG_3.14）

？@CarlWitthoft，因为R在安装程序包时读取Rprofile，该程序包告诉R安装一个程序包，该程序包使其读取Rprofile…+1您最近给我的非常有用的建议是删除“~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15”