R 具有大量点的距离函数

我使用

dist{stats}

函数来计算点之间的距离，我的问题是我有24469个点，dist函数的输出给我一个长度为18705786的向量，而不是矩阵。我已经尝试将

导出为.matrix

，但是文件太大了

我如何访问每个距离对应的点

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例如

which（distance您可以尝试一些东西，具体取决于您需要什么：


计算循环中的距离，只保留那些与标准匹配的距离。特别是当匹配的数量远小于距离矩阵的总大小时，这节省了大量的RAM使用。如果用纯R实现这个循环，它可能会非常慢，这也是为什么
dist
不使用R的原因，但我相信C到pe重新格式化计算。这可能意味着您得到了结果，但需要等待一段时间。或者，优秀的
Rcpp
软件包将允许您用C/C++写下计算结果，这样可能会更快
开始使用像
bigmemory
这样的包来存储距离矩阵。然后在循环中构建它，并将其迭代存储在bigmemory对象中（我以前没有使用过bigmemory，所以我不知道确切的细节）。然后在构建矩阵后，您可以访问它以提取所需的结果。实际上，在R中处理大数据的所有技巧都适用于此项目符号。请参阅例如

一些有趣的链接（在谷歌上搜索大向量的距离矩阵时发现）：



（你真幸运！）