R 候选SNP主成分的判别分析
我刚刚对我的SNP数据集进行了冗余分析，从中找到了候选SNP。我想对这些数据运行一个DAPC，但这让我有点困惑。这是因为我相信我的数据已经存在于集群中，我只想运行DAPC，但由于这些错误，它由于某种原因无法工作，我相信在我达到这一点之前，我做了一些错误的事情，但我不知道代码中的内容我肯定做了一些错误的事情（我完全理解文档太长了。）我现在遇到的问题是“SNP”列是一个因素，我需要它的数字形式。但当我键入“cand1$SNP时，我只是添加了一行导致我出错的代码，我开始认为我甚至不需要SNP列，但我不确定Find.cluster是否有效”“a data.frame”、“matrix”或“genind”对象。对于“data.frame”和“matrix”参数，只应提供定量变量。是的，您不需要SNP列，但只有一列带有变量。对一个向量进行PCA是没有意义的。您需要返回原始数据并让我们查找。聚类做PCA和聚类所以也许我应该把所有三个数据集合并成一个大的列然后再做？基本上在数据集中做三个独立的分组？R 候选SNP主成分的判别分析,r,pca,rda,linear-discriminant,R,Pca,Rda,Linear Discriminant,我刚刚对我的SNP数据集进行了冗余分析，从中找到了候选SNP。我想对这些数据运行一个DAPC，但这让我有点困惑。这是因为我相信我的数据已经存在于集群中，我只想运行DAPC，但由于这些错误，它由于某种原因无法工作，我相信在我达到这一点之前，我做了一些错误的事情，但我不知道代码中的内容我肯定做了一些错误的事情（我完全理解文档太长了。）我现在遇到的问题是“SNP”列是一个因素，我需要它的数字形式。但当我键入“cand1$SNP时，我只是添加了一行导致我出错的代码，我开始认为我甚至不需要SNP列，但我不