如何使用sqlite数据库填充bigstatsr:：FBM以供以后使用？

我是bigstatsr软件包的新手。我有一个sqlite数据库，我想将其转换为一个包含40k行（基因）60K列（样本）的FBM矩阵，供以后使用。我找到了如何用随机值填充矩阵的示例，但我不确定用sqlite数据库中的值填充矩阵的最佳方法是什么

目前我是按顺序进行的，下面是一些模拟代码：

library(bigstatsr)
library(RSQLite)
library(dplyr)

number_genes <- 50e3
number_samples <- 70e3

large_genomic_matrix <- bigstatsr::FBM(nrow = number_genes, 
                                       ncol = number_samples, 
                                       type = "double", 
                                       backingfile = "fbm_large_genomic_matrix")

# Code to get a single df at the time
database_connection <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), "database.sqlite")


sample_index_counter <- 1

for(current_sample in vector_with_sample_names){
  
  sqlite_df <- DBI::dbListTables(conn = database_connection) %>%
    dplyr::tbl("genomic_data") %>%
    dplyr::filter(sample == current_sample) %>% 
    dplyr::collect()
  
  large_genomic_matrix[, sample_index_counter] <- sqlite_df$value
  sample_index_counter <- sample_index_counter + 1
  
}

big_write(large_genomic_matrix, "large_genomic_matrix.out", every_nrow = 1000, progress = interactive())

库（bigstatsr）
图书馆（RSQLite）
图书馆（dplyr）
number_genes这是你自己做的一次非常好的首次尝试

这里效率低下的是为每个样本测试
dplyr:：filter（sample==current\u sample）
。我会先尝试使用
match（）
来获取索引。然后，单独填充每一列会有点效率低下。正如您所说，您可以使用
big\u apply（）
按块执行此操作


big_write（）
用于将FBM写入某些文本文件（例如csv）。这里需要使用的是
FBM（）$save（）
（自述文件中示例的第二行），然后在.rds文件（自述文件的下一行）上使用
big_attach（）


谢谢，我将尝试这些解决方案！