循环调用r cor.test（）没有输出

我试图在循环中使用cor.test r函数，但我不能完全将其转换为“函数”。我可以单独调用这些项，但我更喜欢使用循环

我的代码选择如下所示：

hNames= scan(fileName, nlines = 1, what = character(), sep = ',')
mydata = read.table(fileName, header = TRUE, sep = ',')
names = c(hNames[2:length(hNames)])

for (i in names(mydata[2:length(mydata)]))
{
        for (j in names(mydata[2:length(mydata)]))
        {cor.test(mydata[[i]], mydata[[j]], method='spearman')}
}

如果没有输出，则不起作用，但是：

cor.test(mydata$Bacteroidetes, mydata$Actinobacteria, method = 'spearman')

我在循环中尝试了几种不同的方法，但我始终得到一个错误，即“x”或“y”必须是数字向量

我的数据看起来像printmydata

PHYLUM Actino Bacter ...Tenericutes
x1     25       45    ...8
x1     26       42    ...8
x2     40       43    ...7
x2     42       41    ...5
x2     40       41    ...5

或以其原始格式：

PHYLUM,Actinobacteria,Bacteroidetes,...Tenericutes
x1,25,45,...8
x1,26,42,...8
x2,40,43,...7
x2,42,41,...5
x2,40,41,...5

我做错了什么？我如何更改它？代码会产生一些输出

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非常感谢。

请将您对cor.test的呼叫与打印联系起来

用打印环绕您对cor.test的呼叫

您可以使用combn和avoid R for loop。您可以使用combn和avoid R for loop。@user2642180要稍微展开，当您直接从交互命令行调用cor.test时，它将返回一个htest对象。在命令行中发生这种情况时，R将自动调用objects print方法。但是，在脚本、函数或循环中，这是不会发生的，所以您必须显式地执行它。@joran感谢您为它们提供更多详细信息。我当时在手机上，讨厌在上面打字，所以我把它保持得很简短。@user2642180要稍微扩展一下，当您直接从交互命令行调用cor.test时，它将返回一个htest对象。在命令行中发生这种情况时，R将自动调用objects print方法。但是，在脚本、函数或循环中，这是不会发生的，所以您必须显式地执行它。@joran感谢您为它们提供更多详细信息。我当时在打电话，讨厌打字，所以我把它写得很简短。