在R中绘制热图;如何限制颜色的数量
我有以下数字数据帧:在R中绘制热图;如何限制颜色的数量,r,heatmap,R,Heatmap,我有以下数字数据帧: > cnv_n V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 [1,] 31 37 30 30 33 30 33 36 44 [2,] 104 107 94 109 108 105 99 101 123 [3,] 522 545 539 554 500 537 454 474 512 [4,] 36 39 34 37 33 38 36 37 40 [5,] 62 70 62
> cnv_n
V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9
[1,] 31 37 30 30 33 30 33 36 44
[2,] 104 107 94 109 108 105 99 101 123
[3,] 522 545 539 554 500 537 454 474 512
[4,] 36 39 34 37 33 38 36 37 40
[5,] 62 70 62 64 62 60 57 61 70
[6,] 12 13 8 8 10 9 13 12 14
[7,] 70 75 62 66 70 70 74 79 80
[8,] 22 20 22 21 23 24 20 25 25
[9,] 75 76 77 74 73 69 55 67 77
[10,] 40 46 39 43 38 39 38 38 41
[11,] 171 186 172 171 164 169 157 175 190
[12,] 47 56 51 55 49 45 55 46 53
[13,] 183 200 170 191 172 168 195 207 210
[14,] 175 165 161 187 174 199 152 166 180
[15,] 5 7 5 8 8 6 8 7 6
[16,] 71 80 69 78 70 76 66 78 83
[17,] 377 413 369 401 371 366 360 362 415
[18,] 191 187 187 199 184 181 195 192 221
[19,] 294 321 273 306 289 273 298 326 340
[20,] 30 31 32 29 29 28 22 24 30
[21,] 109 123 108 114 106 105 105 111 123
[22,] 446 461 441 474 433 440 408 443 489
[23,] 498 537 467 511 490 479 429 496 552
[24,] 354 401 333 371 367 370 348 385 423
[25,] 319 338 299 322 289 297 263 325 350
我需要画一张热图,这可以简单地做到:
> heatmap(cnv_n)
我有几个问题想知道这是怎么回事。
dendogram根据彼此的相似性将行和列重新排列在一起,对吗?
如果出于某种原因我不想这样做,我可以这样做:
heatmap(cnv_n, Rowv=NA, Colv=NA)
所以现在秩序得以维持
我想知道这张热图的特性是什么。很明显,它自动确定了需要指定什么颜色的范围。我如何才能获得一个图例,说明什么颜色代表我的数据框中的哪个数字范围
如果我决定R猜测的范围太宽或太严格,事实上我想要的是最多10种颜色,该怎么办
我阅读了热图的信息,但我还不足以理解如何找到这些信息
谢谢你的帮助。
Adrian如果您查看“热图帮助”页面,您将看到它还识别您将传递给图像的相同参数。如果只需要10种颜色,请传递10种颜色的向量作为col=参数,例如col=heat.colors10。如果愿意,您还可以显式设置breaks=以便知道颜色值在哪里变化。您的问题可能太广泛了。请看一看,尤其是关键参数和,然后返回一个更具体的问题。