Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/9/ruby-on-rails-3/4.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
R 是否有方法使用存在/不存在数据计算多个站点之间的差异梯度?_R_Indexing_Genetics - Fatal编程技术网

R 是否有方法使用存在/不存在数据计算多个站点之间的差异梯度?

R 是否有方法使用存在/不存在数据计算多个站点之间的差异梯度?,r,indexing,genetics,R,Indexing,Genetics,我一直在尝试根据存在或不存在的数据,在一个系列中为鱼类提出一个物种(dis)相似性度量,每个湖泊的值为1或0。从我的研究来看,使用Jaccard指数的多站点差异性指数似乎效果最好,因为每个湖泊的单个站点存在/不存在不需要嵌套或特殊的营业额警告。通过“BetaApart”计算R中的贝塔多样性,得出的总体值为0.86。现在我想为每个站点提供一个(dis)相似性值,然后我可以使用它作为一个连续变量插入RDA。是否有计算特定场地差异的方法?我能想到的最接近的方法是将所有地点的贝塔多样性=0.86,然后计

我一直在尝试根据存在或不存在的数据,在一个系列中为鱼类提出一个物种(dis)相似性度量,每个湖泊的值为1或0。从我的研究来看,使用Jaccard指数的多站点差异性指数似乎效果最好,因为每个湖泊的单个站点存在/不存在不需要嵌套或特殊的营业额警告。通过“BetaApart”计算R中的贝塔多样性,得出的总体值为0.86。现在我想为每个站点提供一个(dis)相似性值,然后我可以使用它作为一个连续变量插入RDA。是否有计算特定场地差异的方法?我能想到的最接近的方法是将所有地点的贝塔多样性=0.86,然后计算每个湖泊中存在的物种数量除以0.86,类似于使用临时的Jaccard指数公式。例如,场地1将为=(1/7)/0.86;虽然我不知道这是否违反了任何假设。下面是我使用的数据

        Species1 Species2 Species3 Species4 Species5 Species6 Species7
Site 1      1       0         0       0         0        0       0
Site 2      1       1         0       0         0        0       1
Site 3      1       1         1       1         1        1       1
Site 4      1       0         0       0         0        0       0
Site 5      1       0         0       0         0        0       1
Site 6      1       0         0       0         0        0       0
Site 7      1       0         1       0         0        0       0
Site 8      1       0         0       0         0        0       0
Site 9      1       0         0       0         0        0       0

任何反馈都将不胜感激。

因为这似乎更像是一个统计问题,我鼓励您在交叉验证时回答这个问题:因为这似乎更像是一个统计问题,我鼓励您在交叉验证时回答这个问题: