在RSQLite crasks R（OS X&；Ubuntu）中加载spatialite扩展

我正在对spatialite数据库运行一些查询，希望将数据直接输入R。建议我可以这样做：

library(RSQLite)
sqldrv <- dbDriver("SQLite") 
con <- dbConnect(sqldrv, dbname = "/path/to/db.sqlite",loadable.extensions = TRUE)  
spatialitestatus <- dbGetQuery(con, "SELECT load_extension('libspatialite.dylib')")

在我的例子中，spatialite是使用自制从源代码构建的，我通常使用的sqlite版本也是如此。在libspatialite自制的定义中，它说它依赖于sqlite>3.7.3。我自制的sqlite版本是3.7.17

我不知道默认情况下sqlite RSQLite的版本是什么，但我假设它是RSQLite源代码包中包含的3.7.17版本。我尝试使用

install.packages（c（“RSQLite”），type=“source”）

从源代码构建RSQLite，希望它能简单地使用我的sqlite版本，但看起来不像是这样。或者如果真的发生了，它还在崩溃

最后，我要提到的是，我在两个版本的R下进行了尝试，结果相同：

• R 3.0.0以二进制形式从CRAN下载
• R 3.0.1以源代码形式下载并通过自制软件安装

更新：

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使用Ubuntu FOSS GIS存储库提供的libspatialite 5在Ubuntu 13.04中确认崩溃。

最近版本的libspatialite（4.x）似乎有问题。此外，加载自制的libspatialite3扩展是可行的，但随后的查询会导致相同的错误

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最后，我的（短期的、临时的、黑客式的）解决方案是创建一个R包，编译自己的spatialite并加载它

Mac分支的维护者Simon Urbanek建议不要使用MacPorts、Homebrew或Fink安装外部软件包。您所说的外部软件包是什么意思？非R系统库？在spatialite的例子中，我甚至不知道在哪里可以下载预构建的二进制文件。如果我是从源代码构建，我会像homebrew那样做。是的，如果你喜欢非R系统库。据我所知，出现问题的原因是源代码被构建到了“错误”的目录中。通过发布到Mac-R邮件列表，您可能会得到更多有见识的建议。据我所知，没有任何版本的libspatialite可通过R打包方式获得。

 *** caught segfault ***
address 0x0, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("RS_SQLite_fetch", rsId, nrec = n, PACKAGE = .SQLitePkgName)
 2: sqliteFetch(rs, n = -1, ...)
 3: sqliteQuickSQL(conn, statement, ...)
 4: dbGetQuery(con, "SELECT load_extension('/usr/local/lib/libspatialite.dylib')")
 5: dbGetQuery(con, "SELECT load_extension('/usr/local/lib/libspatialite.dylib')")