R list.files（）显示目录中除四个文件外的所有文件

我在R中使用list.files（）来获取要通过解析函数运行的基因表达式数据文件列表。出于某种原因，list.files（）显示除四个最近添加到目录中的内容外的所有内容。我尝试在四个文件上使用file.exist（），使用相同的文件路径，返回TRUE，如下所示（实际的文件路径不同，我只是不想发布专有内容，因为我在实验室工作）：

我也目视检查了目录，文件都在那里，并且具有正确的读/写权限。因为我在list.files（）和file.exists（）中使用了相同的filepath变量，所以我知道这不是文件路径问题。任何帮助都将不胜感激

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编辑：显然这是一个更大的问题，因为我无法使用

ls

查看终端中的文件，尽管我可以使用

ls-thor

。如果我找到解决方案，将更新

我刚才意识到问题不在于文件无法读取，我只是找错了地方。最新的文件是runnname100，我希望在runname99之后看到它。但是，R将runname100列在runname10和runname11之间。我将在我的脚本中添加一行或两行，以数字方式重新排序，这样输出就不会以如此愚蠢的方式排序

我刚才意识到问题不在于文件无法读取，我只是找错了地方。最新的文件是runnname100，我希望在runname99之后看到它。但是，R将runname100列在runname10和runname11之间。我将在我的脚本中添加一行或两行，以数字方式重新排序，这样输出就不会以如此愚蠢的方式排序

这些文件名的模式是什么？你能在终端/CMD中看到它们吗？模式是runname00_graft.genes.tpm_tracking，runname后面的数字从01到100。我刚检查过，实际上在终端上看不到它们。在我看来，可能很难通过互联网进行调试。是的，不幸的是，我没有找到任何其他人有同样的问题。我认为当我将文件从最初输出的目录复制到R中引用的目录时，可能会出现问题。我可以通过GUI在同一目录中看到它们。我无法使用

ls

查看它们，但我可以使用

ls-thor

查看文件，并且可以使用

更少的文件名查看文件本身。这些文件名的模式是什么？你能在终端/CMD中看到它们吗？模式是runname00_graft.genes.tpm_tracking，runname后面的数字从01到100。我刚检查过，实际上在终端上看不到它们。在我看来，可能很难通过互联网进行调试。是的，不幸的是，我没有找到任何其他人有同样的问题。我认为当我将文件从最初输出的目录复制到R中引用的目录时，可能会出现问题。我可以通过GUI在同一目录中看到它们。我无法使用
ls
查看它们，但我可以使用
ls-thor
查看文件，并且可以使用
更少的文件名查看文件本身。
filepath = system.file("my/file/path")
list.files(filepath, all.files=TRUE, full.names=TRUE)  # returns all but 4 files
file.exists(paste0(filepath, "/file_in_question"))  # returns TRUE