CRAN包取决于Bioconductor包安装错误

我管理描述文件的依赖、建议和导入。最后，我将我的包提交给

CRAN

。但是在安装包的过程中，它只安装存放在

CRAN

下的包，而不安装

bioconductor

包。此外，它还存在Mac OS的包依赖项错误：

有什么问题吗？我怎么能把它修好呢

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善意的问候，

在R中默认情况下，

install.packages（）

无法从Bioconductor进行安装（至少在默认情况下不是这样，我还没有检查BioC是否有回购基础设施，如果调用正确的话）。[请参阅Martin Morgan（以下）的评论，其中可以找到有关如何配置R的说明，以便

install.packages（）

可以从Bioconductor存储库安装。]

要安装Bioconductor包，通常需要：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

这需要独立于

install.packages（）

来完成

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Mac OS X检查错误可能是该特定服务器上的配置错误。正如@DWin所说，你应该和CRAN讨论这个问题，以找到这个问题的根源。据我所知，CRAN应该安装所有的Bioconductor软件包。

在R 3.0.2中，以下工作：

setRepositories(ind=1:2)

在撰写本文时，值

ind

可以取一个值介于1和8之间的向量，其含义如下：

1:   CRAN
2:   BioC software
3:   BioC annotation
4:   BioC experiment
5:   BioC extra
6:   Omegahat
7:   R-Forge
8:   rforge.net

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此列表通过调用

setRepositories（graphics=F）

获得，它还允许以交互方式选择要从中安装的存储库。

这在任何地方都没有记录，但诀窍是在

说明文件中添加一行，上面写着
生物视图：
（是的，它以冒号结尾，然后不需要列出任何内容，您可以将其保留为空）。然后R将知道检查bioconductor存储库中的软件包要求。
在Rd（R-devel邮件列表）上询问这一点似乎更为恰当我恭敬地不同意这里@ DWin；如果有错误，它是在CRAN，这样的讨论不属于那里，最终被忽略。克伦有自己的电子邮件地址。@ Gavin Simpson的第一个规则的CRAM俱乐部是，你不能谈论Rang-Club。你应该考虑@克里斯甘乃迪回答作为适当的OSKEY > StestReaviStudio 通过标准方式选择Bioconductor存储库（然后
install.packages
works）或
install.packages（…，repos=biocinstallRepos（））
在上面
source
行之后安装Bioconductor包，或
biocLite（“foo”）
从任一CRAN（实际上
getOption）安装
foo
(“repos”）
）或Bioconductor。您可能会认为CRAN能够自动获取和安装这些软件包。从用户的角度（尤其是那些不完全熟悉R的用户）来看，必须单独安装Bioconductor软件包是间接的和令人困惑的。为什么没有解决方案？