Rscript找不到库
我在Unix集群上作为批处理作业运行R脚本时遇到问题。问题是,当尝试在环境中加载库时,R找不到库。我给你举个例子。我将使用基本的R脚本名称sess.R:Rscript找不到库,r,libraries,rscript,R,Libraries,Rscript,我在Unix集群上作为批处理作业运行R脚本时遇到问题。问题是,当尝试在环境中加载库时,R找不到库。我给你举个例子。我将使用基本的R脚本名称sess.R: print(.libPaths()) library("gtools") print(sessionInfo()) 如果我只是使用以下命令从命令行运行此脚本: $ Rscript sess.R 我得到以下输出: [1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" R version 3.2.
print(.libPaths())
library("gtools")
print(sessionInfo())
如果我只是使用以下命令从命令行运行此脚本:
$ Rscript sess.R
我得到以下输出:
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"
R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS release 6.6 (Final)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets base
other attached packages:
[1] gtools_3.5.0
库“gtools”已正确加载,脚本正在运行。但是,如果我编写一个简单的批处理作业(我将在作业中包含两个可选参数,包括错误和输出文件),如:
工作一秒钟后就失败了。我得到的两个输出文件当然是sess.out和sess.err。
Sess.out包含库目录:
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"
这似乎与从命令行运行Rscript时相同,因此没有错误。但是,由于脚本已终止,因此不会打印Info会话。sess.err文件包含以下错误:
Error in library("gtools") : there is no package called ‘gtools’
Execution halted
在这种情况下,似乎R找不到gtools,即使库路径相同。。。
我错过什么了吗?有什么我看不到的错误吗?还是群集设置的问题
Error in library("gtools") : there is no package called ‘gtools’
Execution halted