如何在igraph绘图中为顶点着色和高亮显示链接

我不熟悉igraph，我正在尝试绘制小世界网络，其中我根据属性为顶点着色，并高亮显示特定链接

假设我有一个具有8个顶点的网络（

myNet

）的邻接矩阵（

adj_矩阵

）：

> adj_matrix
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
[1,]    0    1    0    0    0    0    0    1
[2,]    1    0    1    0    0    0    0    0
[3,]    0    1    0    1    0    0    0    0
[4,]    0    0    1    0    0    0    0    1
[5,]    0    0    0    0    0    1    0    0
[6,]    0    0    0    0    1    0    1    0
[7,]    0    0    0    0    0    1    0    1
[8,]    1    0    0    1    0    0    1    0 

在一个单独的数据帧（

df

）中，我有8个相应的值：

> df
  name    values
1    1 0.3568838
2    2 0.5260344
3    3 0.3568838
4    4 0.7374865
5    5 0.7140553
6    6 0.5260344
7    7 0.4125705
8    8 0.7374865

作为一种临时解决方案，我可以将其绘制为一个无向网络，其顶点由

节点$values

手动着色，如下所示：

as_edgelist(myNet, names = TRUE)

links <- data.frame(
  source=as_edgelist(myNet, names = TRUE)[,1],
  target=as_edgelist(myNet, names = TRUE)[,2])

palf <- colorRampPalette(c("gray80", "red"))
network <- graph_from_data_frame(d = links, vertices = df, directed = F)
plot(network, vertex.color = palf(8), layout=layout_in_circle)

as_edgelist（myNet，names=TRUE）
链接当您
plot（）
时，您可以通过指定
vertex.color
和
edge.color
的值为igraph中的顶点和边着色

到目前为止，在您的示例中还不错，但是您应该真正尝试使用igraph对象，而不是临时解决方案。考虑用<代码>图形> FraceFixEdgEistSist]（<代码> >或<代码> GraseFixEngulixyMatX（）/<代码> < /P>
igraph对象自然地绘制垂直属性，如
color
，以及边缘属性，如
color
和
width
。您可以这样设置它们：

V(network)$color <- "white"
V(network)$color <- "black"

这是您可以开始着色和高亮显示的方式

# Make network and assign values from dataframe
network <- graph_from_adjacency_matrix(adj_matrix, mode="undirected")
V(network)$value <- df$values
V(network)$col_values <- round( V(network)$value, 2) * 100

# Colour vertecies
colours <- colorRampPalette(c("gray80", "red"))(100)
V(network)$color <- colours[ V(network)$col_values ]

# Color edges
E(network)$color <- "black"

#Highlight edge
E(network)$width <- 1
E(network)$width[5] <- 5

# Plot
plot(network, layout=layout_in_circle)

#建立网络并从数据帧分配值
网络粗体边是使用边属性
宽度设置的。顶点和边都采用
颜色
（仅限美式拼写）。
# Make network and assign values from dataframe
network <- graph_from_adjacency_matrix(adj_matrix, mode="undirected")
V(network)$value <- df$values
V(network)$col_values <- round( V(network)$value, 2) * 100

# Colour vertecies
colours <- colorRampPalette(c("gray80", "red"))(100)
V(network)$color <- colours[ V(network)$col_values ]

# Color edges
E(network)$color <- "black"

#Highlight edge
E(network)$width <- 1
E(network)$width[5] <- 5

# Plot
plot(network, layout=layout_in_circle)