R 将因子映射到热图中的颜色
您好,我正在用热图制作R中的热图。2。我想使用RowSideColors选项。但是,我不知道如何轻松地为行创建颜色向量。 这些行代表细菌,我有一个数据框,其中包含我想用于着色的细菌信息。我将使用R 将因子映射到热图中的颜色,r,heatmap,R,Heatmap,您好,我正在用热图制作R中的热图。2。我想使用RowSideColors选项。但是,我不知道如何轻松地为行创建颜色向量。 这些行代表细菌,我有一个数据框,其中包含我想用于着色的细菌信息。我将使用Bact\u philo\u Info$Phylum或k来创建颜色向量 > str(Bact_Phylo_Info) 'data.frame': 33 obs. of 3 variables: $ Phylum: Factor w/ 7 levels "Actinobacteria",..:
Bact\u philo\u Info$Phylum
或k来创建颜色向量
> str(Bact_Phylo_Info)
'data.frame': 33 obs. of 3 variables:
$ Phylum: Factor w/ 7 levels "Actinobacteria",..: 4 3 3 2 2 2 2 2 5 5 ...
$ Order : Factor w/ 10 levels "Bacteroidales",..: NA 4 4 1 1 1 1 1 NA 5 ...
$ Family: Factor w/ 13 levels "Anaplasmataceae",..: NA 4 4 NA 11 2 11 12 NA NA ...
我试过一些方法,例如下面的疯狂循环,但我认为一定有一种简单的方法我错过了。谢谢你的帮助
BactPhyColors <- sapply(Bact_Phylo_Info$Phylum,
if (Bact_Phylo_Info$Phylum == levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)[i]),
rainbow(length(levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)))[i]
}
)
BactPhyColors如果我很了解您试图做的事情:您将一个变量编码为一个因子,然后尝试将其转换为颜色?
正在创建一些离散比例颜色
在这里,我使用brewer\u pal
fromscales
包创建一个brewer调色板。然后将其与因子变量合并
library(scales)
dat <- data.frame(Phylum = gl(7,2))
n <- nlevels(dat$Phylum)
dat.col <- data.frame(Phylum =unique(dat$Phylum),
BactPhyColors =brewer_pal()(n)) ## you can also use rainbow(n)
merge(dat,dat.col)
merge(dat,dat.col)
Phylum BactPhyColors
1 1 #EFF3FF
2 1 #EFF3FF
3 2 #C6DBEF
4 2 #C6DBEF
5 3 #9ECAE1
6 3 #9ECAE1
7 4 #6BAED6
8 4 #6BAED6
9 5 #4292C6
10 5 #4292C6
11 6 #2171B5
12 6 #2171B5
13 7 #084594
14 7 #084594
库(比例)
dat