用GGR中的散点群着色_R_Grouping_Ggpubr

用GGR中的散点群着色

用GGR中的散点群着色,r,grouping,ggpubr,R,Grouping,Ggpubr,我正在使用ggpubr库中的ggscatter函数制作散点图。我的数据框看起来像这样 1 a b chr17 + 0.003 0.005 0,2 282232 4,0 253259 non_sig 10 a b chr22 - 0.733 0.6855 16,17 3,3 24,45 11,4 non_sig 12 a b chr13 + 0.7625 0.7965 22,14 1,7 7,18

我正在使用ggpubr库中的ggscatter函数制作散点图。我的数据框看起来像这样

1   a   b   chr17   +   0.003   0.005   0,2 282232  4,0 253259  non_sig
10  a   b   chr22   -   0.733   0.6855  16,17   3,3 24,45   11,4    non_sig
12  a   b   chr13   +   0.7625  0.7965  22,14   1,7 7,18    1,4 non_sig
14  a   b   chr13   +   0.4555  0.369   20,16   19,12   4,23    17,11   non_sig
15  a   b   chr13   +   0.488   0.384   27,15   19,12   7,18    17,11   non_sig
16  a   b   chr16   -   0.9715  0.978   200141  3,2 260280  3,3 non_sig
21  a   b   chr1    +   0.9365  0.933   149118  1,12    133175  11,5    non_sig
22  a   b   chrX    +   0.6475  0.7265  129,57  58,35   104,78  37,29   non_sig
26  a   b   chr3    +   0.05    0.0475  54,32   721503  46,27   519617  non_sig
27  a   b   chr3    +   0.0475  0.045   57,34   721503  47,30   519617  non_sig

这是我正在使用的命令

library("ggpubr")
df <- read.table("test.txt",header =F,sep="\t")
ggscatter(df,x= "V6",y= "V7",color = "V12", shape = 21, size = 1,add = "reg.line",cor.coef = TRUE, cor.method = "pearson",conf.int = TRUE,title="A3SS(4561)",xlab="Ψ2",ylab = "Ψ1",
                  palette = c("black", "red"))

谢谢你的帮助

我假设“使用12列为点上色”是指使用基于12列

V12

的颜色填充点

请注意，您的示例数据只包含

V12=“non_sig”

条目，因此我已手动将一个条目更改为

“sig”

样本数据

我假设“使用12列为点着色”的意思是使用基于12列

V12

的颜色填充点

请注意，您的示例数据只包含

V12=“non_sig”

条目，因此我已手动将一个条目更改为

“sig”

样本数据

假设第12列中的变量是因子，它们的默认顺序是字母顺序。因此，在您的示例中，第一个调色板颜色（“黑色”）进入第一个因子级别（“非sig”）；第二种颜色（“红色”）为第二种颜色（“sig”）

如果要以不同的方式指定颜色，则需要对调色板中的因子级别或颜色名称重新排序。例如，要将“黑色”、“红色”和“绿色”指定给因子“sig”、“non_sig”和“new_var”，可以执行以下操作：

df$V12 <- factor(df$V12, levels = c("sig", "non_sig", "new_var"))

df$V12 <- factor(df$V12, levels = c("sig", "non_sig", "new_var"))

从某种意义上说，您已经在编码颜色了。第12列中的变量将按字母顺序排列：首先是

non_sig

，然后是

sig

。您的调色板是按顺序分配的，因此第一个因素（

non_sig

）为“黑色”，第二个因素（

sig

）为“红色”。谢谢您的回复。我现在知道它在这里工作，但让我们假设第12列中有三个变量，我想以我知道的方式为它们分配颜色，而不是基于字母顺序，我该怎么做？添加了一个希望有帮助的答案。从某种意义上说，您已经在编码颜色了。第12列中的变量将按字母顺序排列：首先是

non_sig

，然后是

sig

。您的调色板是按顺序分配的，因此第一个因素（

non_sig

）为“黑色”，第二个因素（

sig

）为“红色”。谢谢您的回复。我现在知道它在这里工作，但让我们假设第12列中有三个变量，我想以我知道的方式为它们分配颜色，而不是基于字母顺序，我怎么能这样做？添加了一个希望有帮助的答案。对不起，我没有意识到，我这里没有sig值。我看到您使用了fill而不是color参数，但在这种情况下，它是按字母顺序分配的，如果我有第三个变量测试，我希望它是黑色的，sig到红色，非sig到橙色。我该怎么做？@user3138373您可以为

调色板使用命名向量

；我已经更新了我的答案，请看一看。非常感谢，我不知道我可以在里面使用名称。对不起，我没有意识到，我这里没有sig值。我看到您使用了fill而不是color参数，但在这种情况下，它是按字母顺序分配的，如果我有第三个变量测试，我希望它是黑色的，sig到红色，非sig到橙色。我该怎么做？@user3138373您可以为

调色板使用命名向量

；我已经更新了我的答案，请看一看。非常感谢，我不知道我可以在里面使用名字

df <- read.table(text =
    "1   a   b   chr17   +   0.003   0.005   0,2 282232  4,0 253259  non_sig
10  a   b   chr22   -   0.733   0.6855  16,17   3,3 24,45   11,4    non_sig
12  a   b   chr13   +   0.7625  0.7965  22,14   1,7 7,18    1,4 non_sig
14  a   b   chr13   +   0.4555  0.369   20,16   19,12   4,23    17,11   non_sig
15  a   b   chr13   +   0.488   0.384   27,15   19,12   7,18    17,11   sig
16  a   b   chr16   -   0.9715  0.978   200141  3,2 260280  3,3 non_sig
21  a   b   chr1    +   0.9365  0.933   149118  1,12    133175  11,5    non_sig
22  a   b   chrX    +   0.6475  0.7265  129,57  58,35   104,78  37,29   non_sig
26  a   b   chr3    +   0.05    0.0475  54,32   721503  46,27   519617  non_sig
27  a   b   chr3    +   0.0475  0.045   57,34   721503  47,30   519617  non_sig", header = F)

df <- read.table(text =
    "1   a   b   chr17   +   0.003   0.005   0,2 282232  4,0 253259  non_sig
10  a   b   chr22   -   0.733   0.6855  16,17   3,3 24,45   11,4    non_sig
12  a   b   chr13   +   0.7625  0.7965  22,14   1,7 7,18    1,4 non_sig
14  a   b   chr13   +   0.4555  0.369   20,16   19,12   4,23    17,11   non_sig
15  a   b   chr13   +   0.488   0.384   27,15   19,12   7,18    17,11   sig
16  a   b   chr16   -   0.9715  0.978   200141  3,2 260280  3,3 non_sig
21  a   b   chr1    +   0.9365  0.933   149118  1,12    133175  11,5    non_sig
22  a   b   chrX    +   0.6475  0.7265  129,57  58,35   104,78  37,29   test
26  a   b   chr3    +   0.05    0.0475  54,32   721503  46,27   519617  non_sig
27  a   b   chr3    +   0.0475  0.045   57,34   721503  47,30   519617  non_sig", header = F)


ggscatter(
    df,
    x= "V6", y= "V7",
    fill = "V12",
    shape = 21,
    size = 5,
    palette = c(test = "black", sig = "red", non_sig = "orange"))

df$V12 <- factor(df$V12, levels = c("sig", "non_sig", "new_var"))

palette = c("black", "red", "green")