无法打开共享对象文件：没有此类文件或目录Rglpk

我已经以

root

用户的身份在

Redhat7

的ec2实例上手动安装了R包“Rglpk”：

mkdir -p GLPK
wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.47.tar.gz
tar xvf glpk-4.47.tar.gz
cd glpk-4.47
./configure --prefix=/home/ec2-user/GLPK
make
make install
cd ..

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-3.tar.gz
tar xvf Rglpk_0.6-3.tar.gz
mv glpk-4.47 /home/ec2-user/Rglpk/src/GLPK
export LD_LIBRARY_PATH=/home/ec2-user/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=/home/ec2-user/GLPK/lib
export CPATH=/home/ec2-user/GLPK/include
R CMD INSTALL Rglpk

问题是，当我在

R

cli中以root用户身份调用此库时，它工作正常，但当我切换到我的用户，即

ec2 user

，并在

R

cli中调用此库时，它开始为所有用户（即使是root用户）提供以下错误

library("Rglpk")
Loading required package: slam
Error: package or namespace load failed for ‘Rglpk’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/Rglpk/libs/Rglpk.so':
  libglpk.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

该文件仍存在于该位置：

0(ec2-user@resuerdsfdfsfdn02 [~])$ cd /usr/lib64/R/library/Rglpk/libs/
0(ec2-user@resuerdsfdfsfdn02 [/usr/lib64/R/library/Rglpk/libs])$ ls
Rglpk.so*

---

主要问题在于每当调用

Rglpk

或任何其他R包时，他们无法找到诸如

libglpk.so.0

之类的文件，因为环境变量是在本地执行的，在用户

cli

存在之前指向它的位置。因此在系统范围内设置环境变量，以便此库可以访问，而不考虑用户：

1） 编辑

/etc/bashrc

2） 最后将以下变量放入其中：

export LD_LIBRARY_PATH=/home/ec2-user/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=/home/ec2-user/GLPK/lib
export CPATH=/home/ec2-user/GLPK/include

3） 重新加载文件：

source /etc/bashrc

---

问题是libglpk.so.0不在RStudio服务器的R环境中的路径中，即使它在从终端会话调用的R环境中。这并不理想，但解决方案是在.Rprofile文件中放入以下行：

动态加载（“/home/ec2 user/GLPK/lib/libglpk.so.0”）

---

这将从您指定的路径加载共享库，而不是让R从您的环境推断路径。如果您的RStudio服务器是从不同于您实例上默认ec2用户配置文件的帐户运行的，只需将上述路径中的“ec2用户”替换为您正在使用的任何用户名即可。完成后，您应该能够从RStudio服务器会话调用“Rglpk”。

根据我的经验

dyn.load

加载包，但不足以使用函数。因此，我使用：

dyn.load("/home/ec2-user/GLPK/lib/libglpk.so.40") 
Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH=paste0(Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH"), ":", "/home/ec2-user/GLPK/lib"))

对于安装，我必须使用：

export PKG_CFLAGS='-I/home/user/GLPK/include'
export PKG_LIBS='-L/home/user/GLPK/lib'

---

自动工具无法正确配置正在生成的程序。您需要正确配置库。您的

LDFLAGS

应该包括

-Wl，-R、/home/ec2 user/GLPK/lib-Wl、-enable新dtags

。那么你就不需要像

LD\u LIBRARY\u PATH

这样的黑客，它们在过去20年左右一直困扰着Linux。@jww，我对R和固有语言的编程范式非常陌生，请你详细解释一下这些标志和支持的材料。非常感谢