R标记生成的输出与R代码不同

我在R的一个项目上工作，并为它创建了一个降价文档（PDF格式）。文档包含与.R文件完全相同的代码；R文件和Rmd文件都在同一目录中

该项目的目的是创建一个预测评级系统。代码会检查一些算法，选择最好的算法，在验证数据集上进行检查，并得到预期结果，非常接近（实际上更低）上一版本算法产生的结果

然而，当这段代码在.Rmd文件中运行时，结果会非常不一致

我尝试了一些推荐的方法：

我用“

here

”包专门设置了工作目录，并使用

save.image（）

保存当前环境；我已将该文件加载到markdown文档中以加载环境-这不起作用

在使用

knitr:：opts_chunk$set（cache=TRUE）

命令之后，我在文件上使用了

rmarkdown:：render（）

命令来编织文件

当我在这两种语言中运行

str（options（））

命令时，得到的输出非常不同。这是目前我唯一能想到的事情

如何使两个文件中的

选项（）

相同？在R Studio中有这样的设置吗？我原以为，因为这两个文件都在同一个位置，这不会是一个问题，但我在这里

编辑： 我附上了我的github代码的链接：

它们正在处理数百万行代码，因此需要时间。最后，R文件的输出将具有以下内容（或类似内容：）-请注意，验证集上的最终RMSE值低于所有其他值

|method                                                                         |      RMSE|
|:------------------------------------------------------------------------------|---------:|
|Just the average                                                               | 1.0429393|
|Just Movie Effect Model b_i average                                            | 0.9390297|
|User Affect + Movie Effect Model                                               | 0.8556187|
|Regularized + Movie Effect                                                     | 0.9390291|
|Regularized Movie + User Effect Model                                          | 0.8555519|
|Regularized Movie + User Effect Model + Year Effect Model                      | 0.8552506|
|Regularized Movie + User Effect Model + Year Effect Model + Genre Effect Model | 0.8551794|
|Final Model Tested on Validation Set                                           | 0.8550428|

.Rmd文件的输出不可避免地如下所示-请注意，最后一个RMSE高于前面几个RMSE：

method RMSE
1 Just the average 1.0406546
2 Movie Effect Model 0.9266068
3 User Effect + Movie Effect Model 0.8440959
4 Regularized + Movie Effect 0.9266057
5 Regularized Movie + User Effect Model 0.8440903
6 Regularized Movie + User + Year Effect Model 0.8439340
7 Regularized Movie + User + Year + Genre Effect Model 0.8438856
8 Final Model Tested on Validation Set 0.8451003

如有任何意见，将不胜感激

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TIA

请阅读。没有a我们能做的不多。我添加了一些github链接和一些实际的numerican输出。