R 样本/物种转换代码帮助

我试图简化R中的一项任务。我有一个这样的社区矩阵：

row.name   species1  species2 species3 species4 .... species50
sample 1      1         6        156      4              1
sample 2      0        20        34       5              1
sample 3      3         7        23       0              7
....
sample 10     3        15        9        7              6

这些是未经统计的数字

我正试图编写一种方法（但毫无结果），通过这种方法，我可以将样本/行中出现的物种数量超过10%的物种限制在9%。也就是说，在这个（虚构的）例子中，样本1/规格3似乎需要封顶

我希望数据保留为/恢复为原始计数。这在R中是否可能

我知道在

vegan

或等同于标准化/标准化数据中的生态变化，但它们不是我想要的

我希望这是有道理的。如果没有，我可以再解释一遍。非常感谢您提供的任何帮助，对于R

来说还是相当新的，我将使用

sweep（）

，但指定

pmin

作为函数，以便 取10%和实际值中的较小值：

M <- read.table(header=TRUE, row.names = 'row.name', 
text='row.name   species1  species2 species3 species4  species50
sample_1      1         6        156      4              1
sample_2      0        20        34       5              1
sample_3      3         7        23       0              7
sample_10     3        15        9        7              6') 

M <- as.matrix(M)

sweep(M, 1, rowSums(M) %/% 10, pmin)

---

M您的意思是矩阵中任何大于10的值都应该替换为9吗？重新阅读后，可能不会。但是百分之十是什么？行和数？列总和？抱歉，行总和的10%如果有两个物种的数量大于10%，这可能会变得很棘手-一旦你改变一个物种的数量，你可能会发现另一个物种的数量上升到包含>=行总和的10%，因为行总和是动态的，那么我认为你正在进入优化领域。替换的计数必须精确等于9%吗？是的，这是我的想法。我想知道R能否动态地响应/平衡这一点。它们不必精确地等于9%，但我将为标签添加优化！谢谢，我来查一下，哪个包裹被收进来了@Geoff返回可能调整过的原始值对我来说是一个真正的挑战。你的方法很聪明！FUN中的扫描（数据，1，行和（数据）%/%10，pmin）错误（x，aperm（数组（STATS，dims[perm]），顺序（perm）），…）：（列表）对象无法强制键入“double”我收到此错误吗？（很抱歉，我无法确定如何使其看起来像r脚本）您不能使用data.frame，您必须先转换为矩阵。哦，好的（忽略下面的答案！！）