由于内部编译器错误：分段错误，无法在Ubuntu 20.04中安装某些R软件包

我最近在Ubuntu 20.04.2 LTS上安装了R版本4.0.5（2021-03-31）。R正在按预期工作

但是，尽管一些软件包安装时没有出现问题（例如，

R.matlab

），但仍有一些软件包无法安装。例如，运行

install.packages（“data.table”）

会引发以下错误：

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
gcc -std=gnu99 9.3.0
zlib 1.2.11 is available ok
R CMD SHLIB supports OpenMP without any extra hint
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp  -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-tRgc13/r-base-4.0.5=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o
during GIMPLE pass: ccp
assign.c: In function ‘memrecycle’:
assign.c:1205:1: internal compiler error: Segmentation fault
 1205 | }
      | ^
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <file:///usr/share/doc/gcc-9/README.Bugs> for instructions.
make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:172: assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’

我尝试重新安装gcc-9，但没有帮助。我发现

Sys.getenv（“PATH”）

中的路径指向我的系统上的miniconda3安装，因此更新为

/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/rstudio/bin/postback

，这也没有帮助

---

我的目标是在不抛出这些编译器错误的情况下安装上述软件包。任何帮助都将不胜感激。

如果将来其他人也遇到此问题，我将发布由建议给我的解决方案。以下是我发布的问题的链接：

问题是R使用的是gcc-9而不是gcc-10来编译包。gcc的旧版本抛出了一个错误。以下是我为解决问题所采取的步骤：

安装gcc-10，它在我的系统上不可用：

sudo apt Install gcc-10

在gcc-10的

/usr/lib/R/etc/Makeconf

文件中：打开终端，键入

sudo nano/usr/lib/R/etc/Makeconf

，并将当前的

CC=

替换为

CC=gcc-10

。保存文件

重新启动R并对未正确编译的包运行

install.packages（）

命令

编辑：请参阅下面的评论进行讨论。上述步骤解决了问题，但不推荐使用。该问题与在R中使用调用

install.packages（）

时，R未使用系统软件包管理器安装软件包有关

安装包

bspm

为我解决了这个问题。这个软件包及其实用性是为那些好奇的人讨论的

要在R中使用

install.packages（）

，可以通过两种方式使用

bspm

：

bspm:：在R中启用（）

，然后安装.packages（）

如其文档中所述：要在默认情况下在系统范围内启用

bspm

，请在

Rprofile.site

文件中包含以下内容：

suppressMessages（bspm:：enable（））

---

非常感谢Dirk的指导。

您是否尝试过进入您的库并手动删除受影响库的文件夹？当软件包在安装过程中遇到错误时，这通常对我很有帮助。恭喜！看起来您在GCC编译器中遇到了一个bug。也许你应该按照输出的建议去做，然后提交一份bug报告？@careycaginal，这些软件包甚至都无法安装，所以就我所知，没有可以手动删除的文件夹。Striezel，因为我对这个比较陌生，所以我不确定这是否是一个“真正的”bug。根据你的建议，我已经向你提出了一个问题。感谢你们两位。Debian（以及Ubuntu）的R维护者：编译器与此无关；我们年复一年地升级这些设备，并且它们（除了一个ABI更改一个loooong time ag）始终是可互换的。这个简单的答案介于不适用、无关和潜在误导之间。很高兴进一步讨论debian和Ubuntu的r-sig-debian列表。@Dirkedelbuettel我很惊讶，因为我所做的解决了这个问题。我期待着听到你的解释。你没有“解决”任何问题，你可能用了一把大锤来压制一个可能无关的问题。例如，Ubuntu上的

data.table

，或者其他系统上的

都没有一般问题，请参阅（暂时忽略oldrel_macos）。如果您有重复性问题，请访问r-sig-debian，我们会提供帮助（或者在这里发布，我猜即使我也会在这里回答课程，回复的质量也会更好）。并且重申：您更可能通过大量编辑配置文件对您的系统造成损害。这里是您的“答案”。一般来说，不要这样做。（您也可以在
~/.R/Makevars
中重写编译器，如几十个答案所示；但正如我所说，编译器与此无关。）为我的误解道歉。在将Makeconf文件恢复到其原始内容之后，我仍然存在上述安装包的问题。我会发到r-sig-debian。
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-tRgc13/r-base-4.0.5=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c base64.c -o base64.o
during GIMPLE pass: ccp
base64.c: In function ‘base64_decode_impl’:
base64.c:237:1: internal compiler error: Segmentation fault
  237 | }
      | ^