R-向量问题中Hardy-Weinberg平衡的计算

我有一个csv文件，它有三列基因型计数。我使用read.table（）导入csv，并使用另一个变量从这些列中提取数据：

数据示例：

SNP, Allele, CC, CT, TT
1, .329, 12, 3, 4
2, .231, 3, 2, 6
3, .214, 5, 4, 5

代码：

问题是HW.test读取的是列而不是行，因此使用上述数据，它将计算12、3和5的HWE，而不是12、3、4

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如何确保水平读取它？

查看

？HWExact

，它似乎只设计用于获取长度为3的向量（即，计算一组HW基因型）

它还看起来像是

？hweactmat

是为您想要做的事情而设计的。在

hweactmat

中，第一个参数是一个由3列组成的矩阵（显示的示例看起来像您正在尝试做的事情）。请尝试：

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出于某种原因，它给了我这样的信息：总和错误（prob）：参数的“类型”（列表）无效你是对的-这是因为

data.frame

被视为

list

，而

hweactmat

只需要矩阵（因此名称中的

Mat

）。我编辑了它，现在它应该可以工作了。

library(HardyWeinberg)
x = read.table("SNPs.csv", header=T, sep = ",")
y = c(x$CC, x$CT, x$TT)
HW.test = HWExact(y, verbose=TRUE)

HWExactMat(as.matrix(x[,3:5]), verbose=T)