绘制邻接矩阵时定位不当-GGR PLOT

我想画一个像棋盘一样的图的邻接矩阵（黑色表示1，白色表示0，反之亦然）

使用以下代码：

require(igraph)
require(ggplot2)
require(reshape2)

g <- make_star(5)
gAdjMatrix <- as.matrix(as_adj(g))

print(gAdjMatrix)

logMatrix <- (gAdjMatrix == 1)
logMatrix

mm <- logMatrix

mm %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var2, Var1)) + 
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("black", "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("white", "black")) + 
  theme_bw() +
  theme(axis.title = element_blank(),
        axis.text = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        panel.grid = element_blank()) + 
  guides(fill = FALSE, color = FALSE) + 
  scale_x_discrete(expand = c(0,0)) + 
  scale_y_discrete(expand = c(0,0))

require（igraph）
需要（ggplot2）
要求（2）
g以下代码应返回您要查找的内容：

mm %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var2, Var1)) + 
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("TRUE" = "black", "FALSE" = "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("TRUE" = "white", "FALSE" = "black")) + 
  theme_bw() +
  theme(axis.title = element_blank(),
        axis.text = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        panel.grid = element_blank()) +
  guides(fill = FALSE, color = FALSE) +
  scale_y_reverse()


说明：

通常更安全的做法是将命名向量与
scale\u XX\u manual
一起使用，以确保映射正确的值
默认情况下，绘图的原点位于左下角，而不是左上角。如果要从顶部开始，请反转y轴
旁注：在完成对绘图中更重要的方面的调整之前，可以省略与外观相关的代码，从而在将来尽量减少此类问题。如果将轴和图例标签留在绘图中，则上述问题可能更容易发现：

mm %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var2, Var1)) + 
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("black", "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("white", "black")) +
  theme_bw() #+
  # theme(axis.title = element_blank(),
  #       axis.text = element_blank(),
  #       axis.ticks = element_blank(),
  #       panel.grid = element_blank()) + 
  # guides(fill = FALSE, color = FALSE) + 
  # scale_x_discrete(expand = c(0,0)) + 
  # scale_y_discrete(expand = c(0,0))

首先，矩阵索引和直角坐标是不同的。我制作了一个矩阵，如下所示：

> x <- matrix(c(1, rep(0, 8)), 3, 3)

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    0    0
[2,]    0    0    0
[3,]    0    0    0


您成功地将矩阵呈现给具有相同位置的热图


因此，使用数据，您可以首先将其转换为直角坐标并绘制：

mm2 <- t(mm)[ , ncol(mm):1]

mm2 %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var1, Var2)) + # Don't exchange Var1 and Var2 here
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("TRUE" = "black", "FALSE" = "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("TRUE" = "white", "FALSE" = "black")) + 
  theme_bw()

mm2%
熔化（）%>%
ggplot（aes（Var1，Var2））+#不要在这里交换Var1和Var2
geom_瓷砖（aes）（填充=值，
颜色=值））+
坐标等于（）
刻度填充手动（值=c（“真”表示“黑”，“假”表示“白”）+
比例-颜色-手动（值=c（“真”=白”，“假”=黑”）+
主题_bw（）

感谢您的回答和全面的解释！
y <- t(x)[ , ncol(x):1]
image(y)

mm2 <- t(mm)[ , ncol(mm):1]

mm2 %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var1, Var2)) + # Don't exchange Var1 and Var2 here
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("TRUE" = "black", "FALSE" = "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("TRUE" = "white", "FALSE" = "black")) + 
  theme_bw()