将ggplot2中的NA值保留在R中

我以为这会很容易。。。但找不到解决办法。 我试图在R中生成一个ggplot2，它与col1和col2之间有相关性，点的大小与col3有关，形状与col4有关。col3和col4具有NA/缺失值。运行下面的代码时，ggplot2会删除没有匹配col3和/或col4的行，但是，我希望保留这些行和颜色代码。输出低于

数据帧示例：

警告: 删除了包含缺失值的3行（几何点）

我试图用is.na（df$col3 | df$col4）创建另一个geom_点，但这不起作用

已尝试在中添加na.rm=FALSE

尝试

但是，我在#2和#3中以“忽略未知美学：na.rm”结尾，而#1给出了一个错误。 而且，这并不能解决col4形状也被删除的问题

ggplot(df, aes(x=df$col1, y=df$col2)) + 
    geom_point(aes(size=df$col3, col=df$col4), na.rm=FALSE) + 
    theme_classic() + 
    scale_size(range = c(0.25,4)) 
             

---

请查看以下链接：

顺便说一句，你的解释很清楚你想要实现什么。我看到问题将与Col3和Col4中没有值时使用的形状和颜色有关。也许试着像这样解决它，比如

当NAN出现在Col3和Col4中时，颜色和形状就是Col1和Col2的相关性

---

另一个测试是使用geom_miss_point

有几点需要注意-我想我已经理解OP在这里想要做什么了。在这种情况下，需要打印所有点。我将陈述我们希望情节看起来如何：

• col1

  用于绘制x轴

• col2

  用于绘制y轴

• col3

  用于控制点的大小

• col4

  用于控制点的颜色

我们在

col3

和

col4

中有

NA

值。那怎么处理这些呢？好的，对于颜色，我将把它们标记并包括在图例中，颜色编码并标记为“NA”。尺寸呢？嗯，

size=NA

没有任何意义，所以我认为对

df$col3==NA

最好的办法是改变形状。以下是我所做的：

ggplot(df, aes(x=col1, y=col2, color=col4)) +
  geom_point(aes(size=col3, shape='Not NA')) +
  geom_point(data=subset(df, is.na(col3)), aes(shape='NA'), size=3) +
  scale_shape_manual(values=c('NA'=3, 'Not NA'=19)) +
  theme_classic()

首先，通过

data.frame$column.name

引用列是一种不好的形式-您应该只使用列名本身

颜色很简单-我们只需将

Color=col4

放在顶部

aes（）

规范中，因为它适用于所有几何图形

对于形状，这里最简单的方法可能是在对

geom_point（）

的两个单独调用中指定。一个是没有任何规范，这将自然删除任何

NA

s-您将不会得到使用

size=NA

绘制的点。要“添加回”NA点，我们必须明确地将其拉出并指定大小。最后，为了在图例中获得形状美感，我们需要将其放入

aes（）

中。这里的一般规则是，如果将美学设置为等于

aes（）

中的列名，它将使用该列中的值进行标记。如果您像我们在这里所做的那样在

aes（）

中键入一个字符，那么geom调用中的所有项目都将标记该字符，但图例已创建。因此，我们基本上是在这里为

shape

创建自己的自定义图例

然后只需使用

scale\u shape\u manual（）

和

value

参数的命名向量来设置我们想要使用的实际形状

编辑 再想一想，NA出现在颜色和形状的图例中是没有意义的，所以让我们将其从颜色中删除。这是通过将

col3

中包含NAs的数据集与不包含NAs的数据集完全分离来实现的：

ggplot(df, aes(x=col1, y=col2, color=col4)) +
  geom_point(data=subset(df, !is.na(col3)), aes(size=col3, shape='Not NA')) +
  geom_point(data=subset(df, is.na(col3)), aes(shape='NA'), size=3) +
  scale_shape_manual(values=c('NA'=3, 'Not NA'=19)) +
  theme_classic()

---

完成。添加的示例对于具有col1和col2值但不具有col3和col4值的点，您希望显示什么？是否仍希望这些内容显示在绘图上？如果是的话。。。他们会被贴上NA的标签，对吗？是的。我希望所有10个点都显示出来，但您希望在图例中如何标记它们？你想让它们出现在传说中吗？不想？任何类型的标签，只要未移除。可能变灰了？谢谢你的回复。我用输出和一个例子更新了问题。谢谢你的回答。为了适应更大的数据集，我尝试了一下。这很有效。不过，有两个问题需要澄清：谢谢你的回答。为了适应更大的数据集，我尝试了一下。这很有效。然而，有几个问题需要澄清：1）shape=“Not NA”和“NA”令人困惑。这是R中的正则表达式吗？我知道NA没有报价单。但“非NA”在我的数据中没有定义。2） “缩放形状”手册是否只是编辑图例的形状尺寸？3） 我在末尾添加了scale_size（range=c（0.25,4））以减小点的大小（因为我有10000行）。这是多余的功能吗？看起来不是这样。非常感谢。

shape=“Not NA”

不是作为逻辑表达式计算的。它只是为整个数据集提供一个名称。最好的考虑方法是：通常

shape=col1

将引用数据中某列的名称，然后从该列数据中绘制标签作为因子（或连续）。当您将其更改为

shape=“col1”

时，它不会引用列，而是。。。在您的数据集中，所有值都等于

“col1”

，有点像“生成另一个”。如果是这种情况，并且您引用了这一列，那么您会将所有内容都标记为“col1”。有点像这样。

scale\uuu

两个函数都指定了您希望

ggplot

如何控制该比例。

aes（）

部分指定如何将其映射出来，如果不指定

比例

，它将猜测最佳的区分方式。如果要更改默认形状、颜色等，则需要使用一些

scale\函数指定
+-------------+-------------+-------------+----------+
|    col1     |    col2     |    col3     |   col4   |
+-------------+-------------+-------------+----------+
| 0.254393811 | 0.124242905 | NA          | NA       |
|  0.28223149 | 0.148601748 | 0.236953099 | CD8CTL   |
| 0.205945835 | 0.074541695 | NA          | NA       |
| 0.199758631 | 0.103369485 | NA          | CD8Mem   |
|   0.2798128 | 0.109511863 | 0.396113132 | CD8STAT1 |
| 0.254616042 | 0.059495241 | 0.479590212 | CD8CTL   |
| 0.197929395 |  0.10993698 | 0.272611442 | CD8CTL   |
| 0.294888359 |  0.12319682 | 0.16069263  | CD8CTL   |
| 0.191407446 | 0.086443936 | 0.36596486  | CD8CTL   |
| 0.267533392 |  0.11240525 | 0.344659516 | CD8CTL   |
+-------------+-------------+-------------+----------+

ggplot(df, aes(x=col1, y=col2, color=col4)) +
  geom_point(aes(size=col3, shape='Not NA')) +
  geom_point(data=subset(df, is.na(col3)), aes(shape='NA'), size=3) +
  scale_shape_manual(values=c('NA'=3, 'Not NA'=19)) +
  theme_classic()

ggplot(df, aes(x=col1, y=col2, color=col4)) +
  geom_point(data=subset(df, !is.na(col3)), aes(size=col3, shape='Not NA')) +
  geom_point(data=subset(df, is.na(col3)), aes(shape='NA'), size=3) +
  scale_shape_manual(values=c('NA'=3, 'Not NA'=19)) +
  theme_classic()