R版本4.0.2出现错误，但R版本3.6.3中没有出现错误，原因是DiagrammR:！LaTeX错误：环境grViz未定义

我在DiagrammR中成功地使用了grViz，并在R版本3.6.3上使用了一个R标记（bookdown）文件，该文件会在另一台R版本为4.0.2的计算机上导致错误。我已经“尝试了我能想到的一切”，包括重新安装TinyTex和遵循中的所有选项

该文件在两个R版本中编译为HTML，但在R版本4.0.2中PDF会导致错误

经过3个小时的测试和搜索，我认为有一个bug。为了进行测试，我制作了一个小版本的和Rmd（见下文）文件，该文件在R3.6.3中编译为PDF，但在R4.0.2中没有，并警告：

我无法从错误日志中找到任何丢失的LaTeX包 Untitled4.log！LaTeX错误：环境grViz未定义

错误：LaTeX未能编译Untitled4.tex。看见 有关调试提示。看见 Untitled4.log了解更多信息。停止执行

---

R版本3.6.3的会话信息显示在PDF的末尾，链接如下：

以下是RMD文件： RMD文件也位于此链接上：

编辑#1 我检查了创建的

.tex

文件。似乎在R4.0.2下，

.tex

文件包含R3.6.3中未创建的命令。例如，以下是R4.0.2的结果：

\begin{figure}

\hypertarget{htmlwidget-7447954648696f078221}{}
\begin{grViz}

\end{grViz}

Flow of information.

\end{figure}

因此创建了一个

\begin{grViz}

和一个

\end{grViz}

，但在这两个变量之间没有任何内容

我将YAML修改为在R3.6.3中运行，以保留

.tex

文件

---
title: "Untitled4-R3.6.3"
output:
  pdf_document:
    keep_tex: true
always_allow_html: true
---

在生成的

.tex

文件中，没有命令

\begin{grViz}

和

\end{grViz}

，因此问题似乎与该方面有关。在R 3.6.3中，代码更简单，只包含在子文件夹

Untitled4_files/figure latex/flowofinformation-1

中创建的文件，该子文件夹可能是PDF，并且该文件夹必须是临时的，因为我找不到它：

\hypertarget{test-grviz}{%
\section{Test grViz}\label{test-grviz}}

\begin{figure}
\includegraphics[width=0.9\linewidth]{Untitled4_files/figure-latex/flowofinformation-1} \caption{Flow of information.}\label{fig:flowofinformation}
\end{figure}

因此，新添加的

\begin{grViz}

和

\end{grViz}

似乎是问题的根源，但我不知道它们从何而来。在这样一个简单的示例中，没有任何类型的用户定义的

preamble.tex

文件

编辑2 我想我必须在GitHub上进一步向易慧请求帮助，因此这里是R4.0.2的

fun:：session\u info

。首先只针对Tinytex，然后针对所有：

> xfun::session_info('tinytex')
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.6, RStudio 1.3.959

Locale: en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / C / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8

Package version:
  graphics_4.0.2  grDevices_4.0.2 stats_4.0.2     tinytex_0.24    tools_4.0.2    
  utils_4.0.2     xfun_0.15      
> 

对于所有人：

> xfun::session_info()
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.6, RStudio 1.3.959

Locale: en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / C / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8

Package version:
  assertthat_0.2.1   backports_1.1.8    base64enc_0.1.3    BH_1.72.0.3       
  bookdown_0.20      callr_3.4.3        cli_2.0.2          clipr_0.7.0       
  colorspace_1.4.1   compiler_4.0.2     crayon_1.3.4       desc_1.2.0        
  DiagrammeR_1.0.6.1 digest_0.6.25      downloader_0.4     dplyr_1.0.0       
  ellipsis_0.3.1     evaluate_0.14      fansi_0.4.1        farver_2.0.3      
  generics_0.0.2     ggplot2_3.3.2      glue_1.4.1         graphics_4.0.2    
  grDevices_4.0.2    grid_4.0.2         gridExtra_2.3      gtable_0.3.0      
  highr_0.8          hms_0.5.3          htmltools_0.5.0    htmlwidgets_1.5.1 
  igraph_1.2.5       influenceR_0.1.0   isoband_0.2.2      jsonlite_1.7.0    
  knitr_1.29         labeling_0.3       lattice_0.20.41    lifecycle_0.2.0   
  magrittr_1.5       markdown_1.1       MASS_7.3.51.6      Matrix_1.2.18     
  methods_4.0.2      mgcv_1.8.31        mime_0.9           munsell_0.5.0     
  nlme_3.1.148       pillar_1.4.6       pkgbuild_1.0.8     pkgconfig_2.0.3   
  pkgload_1.1.0      praise_1.0.0       prettyunits_1.1.1  processx_3.4.3    
  ps_1.3.3           purrr_0.3.4        R6_2.4.1           RColorBrewer_1.1-2
  Rcpp_1.0.5         readr_1.3.1        rlang_0.4.7        rmarkdown_2.3     
  rprojroot_1.3.2    rstudioapi_0.11    scales_1.1.1       splines_4.0.2     
  stats_4.0.2        stringi_1.4.6      stringr_1.4.0      testthat_2.3.2    
  tibble_3.0.3       tidyr_1.1.0        tidyselect_1.1.0   tinytex_0.24      
  tools_4.0.2        utf8_1.1.4         utils_4.0.2        vctrs_0.3.1       
  viridis_0.5.1      viridisLite_0.3.0  visNetwork_2.0.9   withr_2.2.0       
  xfun_0.15          yaml_2.2.1        
> 

---

解决了多亏了一慧的回答。问题是由于降价的一些变化。 看看他的答案，你也可以看到我之前做的所有测试

总结如果您有此问题：

使用遥控器更新：安装github（'rstudio/rmarkdown'）

同时运行webshot:：install_phantomjs（）

在此之后，将创建PDF，并且

\grViz

环境不再是

.tex

文件的一部分

---

答案是在我已经在

的

DiagrammeR

问题页面上交叉发布并多次尝试比较输出后得出的。事实上，该错误在Linux（通过使用Docker）和Windows 10中是可以重现的，PDF是创建的，但它不包含与此目的背道而驰的图表。我不确定这几天是否还有其他人在发这些帖子或使用DiagrammeR？嗨@jys，我仍然有这个问题。你对此有什么更新吗？

> xfun::session_info()
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.6, RStudio 1.3.959

Locale: en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / C / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8

Package version:
  assertthat_0.2.1   backports_1.1.8    base64enc_0.1.3    BH_1.72.0.3       
  bookdown_0.20      callr_3.4.3        cli_2.0.2          clipr_0.7.0       
  colorspace_1.4.1   compiler_4.0.2     crayon_1.3.4       desc_1.2.0        
  DiagrammeR_1.0.6.1 digest_0.6.25      downloader_0.4     dplyr_1.0.0       
  ellipsis_0.3.1     evaluate_0.14      fansi_0.4.1        farver_2.0.3      
  generics_0.0.2     ggplot2_3.3.2      glue_1.4.1         graphics_4.0.2    
  grDevices_4.0.2    grid_4.0.2         gridExtra_2.3      gtable_0.3.0      
  highr_0.8          hms_0.5.3          htmltools_0.5.0    htmlwidgets_1.5.1 
  igraph_1.2.5       influenceR_0.1.0   isoband_0.2.2      jsonlite_1.7.0    
  knitr_1.29         labeling_0.3       lattice_0.20.41    lifecycle_0.2.0   
  magrittr_1.5       markdown_1.1       MASS_7.3.51.6      Matrix_1.2.18     
  methods_4.0.2      mgcv_1.8.31        mime_0.9           munsell_0.5.0     
  nlme_3.1.148       pillar_1.4.6       pkgbuild_1.0.8     pkgconfig_2.0.3   
  pkgload_1.1.0      praise_1.0.0       prettyunits_1.1.1  processx_3.4.3    
  ps_1.3.3           purrr_0.3.4        R6_2.4.1           RColorBrewer_1.1-2
  Rcpp_1.0.5         readr_1.3.1        rlang_0.4.7        rmarkdown_2.3     
  rprojroot_1.3.2    rstudioapi_0.11    scales_1.1.1       splines_4.0.2     
  stats_4.0.2        stringi_1.4.6      stringr_1.4.0      testthat_2.3.2    
  tibble_3.0.3       tidyr_1.1.0        tidyselect_1.1.0   tinytex_0.24      
  tools_4.0.2        utf8_1.1.4         utils_4.0.2        vctrs_0.3.1       
  viridis_0.5.1      viridisLite_0.3.0  visNetwork_2.0.9   withr_2.2.0       
  xfun_0.15          yaml_2.2.1        
>