R 4d曲面图逻辑回归（x、y、z、颜色）

我试图绘制一个包含4个定量变量（3个预测变量和1个响应）的二项关系的4d曲面图。 我用森林覆盖率（

cov

）、景观异质性（

het

）和捕食者丰度（

abund

）来解释捕食的可能性（

pred

）。 所以我想在图上画x=

cov

，y=

het

，z=

abund

和表示

pred

的颜色渐变。我想要一个类似的图表：

我的模型是：

model <- glm(cbind(pred,npred)~ cov + het + abund + abund:cov + cov:het, data=results, family=binomial)

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您的预测是三个预测变量的函数，所以您不能将它们表示为单个曲面。有两种常见的方法可以做到这一点：

使用

misc3d:：contour3d

功能绘制三维轮廓

为其中一个变量的不同值绘制多个曲面

在执行第一步之前，需要纠正代码中的一些拼写错误：有时使用

abun

，有时使用

abund

：我将始终使用

abun

。你也有

gg$pred < -predict(model,newdata=gg, type = "response")

要绘制等高线图，需要选择等高线标高。您可以使用

range(gg$pred)
# [1] 2.220446e-16 1.000000e+00

所以你的模型预测的概率从0到1。我想要20个介于0和1之间的轮廓，但是

contour3d

函数不喜欢超出范围 轮廓，所以我将使用1/20，…，19/20：

levels <- (1:19)/20
colors <- heat.colors(19)

现在绘制一些轴，然后绘制绘图：

plot3d(gg, type = "n")
contour3d(pred, levels, het, cov, abun, color = colors, alpha = 0.5, add = TRUE)

alpha=0.2

值使表面部分透明；您可能需要尝试0和1之间的其他值，以查看您喜欢的值。这是我得到的。在R中，可以旋转绘图以从不同角度查看它，或者调用

rglwidget（）

以可旋转的形式保存它，以便在web浏览器上查看

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我将把如何绘制第二种类型的绘图留给您来解决。

您的问题没有意义：卷中每个位置的变量值都不同。你不会从那样的数据中得到曲面。您可能需要一系列曲面或三维等高线图（使用

misc3d:：contour3d

），但不需要显示的曲面。我不能向您展示这些内容，因为我们没有

results

变量，因此无法运行您的代码。你能总结出一组简单的预测吗？如果我的问题没有意义，我很抱歉。我在这方面有点经验不足，我还在学习。正如我上面所说，我试图理解森林覆盖率、景观异质性和捕食者的丰度如何解释捕食的可能性。我使用其他变量（例如，捕食者的丰富度、一天中的时间）进行了模型选择，最节俭的模型在上面。如果可能的话，我想用一个图表来表示这个模型。我可以用你建议的函数来表示这个模型吗？我将更新并放置我的数据集。非常感谢你。非常感谢你的剧本和提示，我从你身上学到了很多。我还有两个问题。你能告诉我是否可以添加一个像我展示的图中那样的图例吗？与ggplot有互动吗？谢谢

plot3Drgl

软件包可以制作这样的图例，但我不认为它可以制作三维等高线图。（contour3Drgl函数还有其他功能。）我不知道是否有办法将图例与其他

rgl

代码混合。

range(gg$pred)
# [1] 2.220446e-16 1.000000e+00

levels <- (1:19)/20
colors <- heat.colors(19)

pred <- array(gg$pred, c(length(het), length(cov), length(abun)))

plot3d(gg, type = "n")
contour3d(pred, levels, het, cov, abun, color = colors, alpha = 0.5, add = TRUE)