将TPM数据转换为Seurat的读取计数

我想用Seurat对R进行分析，但为此我需要一个带有读取计数的计数矩阵。但是，中提供了我想要使用的数据，这不适合用作输入，因为我想与使用读取计数的其他分析进行比较

有人知道如何将TPM数据转换为读取计数吗？

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提前谢谢

您需要总计数和基因（或转录本）长度接近该转换。有关反向操作，请参阅

从该链接：

You can create a TPM matrix by dividing each column of the counts matrix by some estimate of the gene length (again this is not ideal for the reasons stated above).

x <- counts.mat / gene.length

Then with this matrix x, you do the following:

tpm.mat <- t( t(x) * 1e6 / colSums(x) )

Such that the columns sum to 1 million.

您可以通过将计数矩阵的每一列除以某个基因长度估计值来创建TPM矩阵（同样，出于上述原因，这并不理想）。
我认为如果您添加一些代码示例，这个问题得到回答的可能性会更大。我有这样的代码（TPM中的一些数据行），我想将其转换为read.counts兼容的格式（显示您认为数据应该是什么样子的示例，或者显示您希望将其与read.counts格式的数据进行比较的示例）什么是TPM？看着包裹，似乎更适合谢谢你的回答！我现在确实使用了TPM数据，它似乎工作正常。