（igraph）基于属性的分组布局

我使用R中的iGraph包来布局网络图，我想根据属性值对顶点坐标进行分组

与回答的问题类似，我的问题的不同之处在于，节点不需要按照社区检测算法派生的社区成员资格进行分组

相反，我希望根据每个顶点预先已知的属性值使用组进行布局

例如，如果每个顶点都有一个属性“Master.Org”，并且Master.Org有~10到~20个不同的值，那么如何布局图形，以便将同一Master.Org中的所有顶点分组

谢谢

附加细节

事实上，两个单独的属性提供嵌套的分组级别

我的目标是布局一个图形对象，使“Master.Org”和“Org.Of”值在图形上的XY坐标中分组在一起

例如，每个节点都属于一个“Org.Of”。在“Master.Org”中可以有多个“Org.Of”值

想法？

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谢谢

虽然这个问题很古老，但它是一个合理的问题，值得回答

没有提供任何数据，因此我将生成一个任意示例

library(igraph)
set.seed(1234)
G = erdos.renyi.game(20, 0.25)
V(G)$Group1 = sample(3,20, replace=TRUE)
plot(G, vertex.color=rainbow(3, alpha=0.4)[V(G)$Group1])

如果不采取任何行动，该组将被忽略

现在，我们需要创建一个布局来绘制节点 在同一组中靠得很近。我们可以通过创建 具有相同节点但在节点之间具有附加链接的图 同一组中的节点。将提供组内链接 高权重和原始链接将被赋予一个小权重。 这将群集同一组中的节点。然后我们应用 布局以打印原始图形，无需额外链接。 他们只是为了得到一个好的布局

G_Grouped = G
E(G_Grouped)$weight = 1

## Add edges with high weight between all nodes in the same group
for(i in unique(V(G)$Group1)) {
    GroupV = which(V(G)$Group1 == i)
    G_Grouped = add_edges(G_Grouped, combn(GroupV, 2), attr=list(weight=5))
} 

## Now create a layout based on G_Grouped
set.seed(567)
LO = layout_with_fr(G_Grouped)

## Use the layout to plot the original graph
plot(G, vertex.color=rainbow(3, alpha=0.4)[V(G)$Group1], layout=LO)

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如果您想超越这一点，实现多个级别的分组，只需添加具有适当权重的附加链接，即可连接子组。

我仍在研究这一点，但仍面临挑战。基本上，因为数据是一个组织结构图，我已经知道社区的破裂和他们所在的位置。每个节点都有一个属性来指示它们所在的“社区”。因此，我的挑战是通过使用这些属性作为权重机制的输入来适当地布局图，如上文所述。思想？非常感谢。在您的示例中，是否可以将“V（G）$Group1”转换为“communities object”？@Nick，是的！假设您在上面的示例中运行了

CLG=cluster\u louvain（G）

。您可以完全按照我上面所做的做，但每次我编写

V（G）$Group1

时，都会将其替换为

CLG$membership

。它应该很好用。